华南地区PEDV S基因抗原表位片段的克隆测序及遗传变异分析

摘要

应用RT-PCR方法对2012年华南地区某大型猪场疑似猪流行性腹泻(PEDV)病料检测，并以病料的Vero细胞第一代培养液的RNA抽提物为模板，进行PEDV S基因抗原位点(1495—1914bp)扩增、克隆后进行了测序。序列对比结果表明：CH/GDGZ/2012与CV777、Chi nju99、Brl/87、DRl 3和SM98的核苷酸序列同源性分别为96.9％、93.0％、95.7％、96?7％和96.0％，氨基酸序列的同源性分别为97.7%、91.5％、95.4%、98.0％和94.8％。进化树分析结果显示：华南地区CH/GD-01/2011、CH/GDGZ/2012、GDHSY/2011、CH/GXQZ/2011毒株与上述几株经典毒株的遗传距离很大，处于不同的亚群。在主要抗原表位(1495～1914bp)氨基酸发生如下变化：502aa L→,S，516aaS→A，548aa T→S，593aa G→S，632aa Q→E。上述结果说明病毒的遗传变异和关键抗原表位发生较大变化，可能是导致2011年来华南地区PEDV的爆发流行主要因素。该研究为诊断和防控该病提供了新的素材。