猪戊型肝炎病毒荧光定量PCR检测方法建立及其分子流行病学研究

摘要

本研究对已发表的戊型肝炎病毒(HEV)不同基因型毒株全序列进行分析，针对ORF3的保守区设计引物和探针优化建立了HEV荧光RT-PCR检测体系。分析表明该反应体系具有良好的扩增效率、特异性和稳定性，且检测灵敏度比普通RT-PCR方法高1 0—100倍.利用所建立的荧光定量PCR方法对采集自浙江省及其周边上海、江苏等地区规模化猪场的样品以及HEV抗体阳性人血清样品进行了HEV核酸检测.其中，77份人血清样本仅有两份为HEV核酸阳性(2.6％)。而猪粪便样品阳性率则高达20.5％(56/273)，且所调查的猪场均存在HEV感染。进一步的分子流行特征分析表明浙江省及周边地区的猪HEV毒株多为基因IV型，与其它地区的Ⅳ型HEV毒株同源性较高(83.4％-89.5％)，但它们之间也存在较多的变异位点?猪源HEV毒株PJ-1则与多数III型HEV毒株同源性较高(88％)，进化分析也表明其为基因Ⅲ型。人血清样品中检测到的两HEV毒株Human—1与Human-2与本地区IV型猪源毒株在分子进化关系上具有非常高的亲源性，它们分布于同一分支内，而不构成独立分支。以上分析结果表明浙江及其周边地区猪HEV感染较为广泛，且以基因IV型毒株为主，但也存在基因III型毒株的流行。