水禽源呼肠孤病毒的全序列测定和分型

摘要

为获得水禽源呼肠孤病毒的全基因组序列,从而明确该类病毒的分子生物学特征和分类地位.本研究采用RT-PCR和5'RACE方法,测定了番鸭"白点病"病原815-12株全基因组序列以及新型鸭源呼肠孤病毒J18和091株S1基因节段的序列,并与已测定的鸡源、水禽源呼肠孤病毒序列进行比较.序列分析结果显示,815-12株基因组全长22969 bp,含10个基因节段,各基因节段长度为1125 bp(S4)-3958 bp(L1).序列比对结果显示,815-12株具有禽正呼肠孤病毒(ARV)保守的5'末端六核苷酸序列(5'-GCUUUU)、3'末端五核苷酸序列(UCAUC-3')和相应的蛋白功能基序.815-12株与091株(J18株)的S组基因的多顺反子结构和基因编码策略存在差异,后者与鸡源呼肠孤病毒更为相似.不同水禽源呼肠孤病毒分离株之间、水禽源和鸡源呼肠孤病毒分离株之间,序列存在显著差异.进化分析结果显示,水禽源呼肠孤病毒可分为两个基因型;水禽源和鸡源呼肠孤病毒的M2基因节段可能存在重组;水禽源呼肠孤病毒之间,编码λA、λB、μA、μNS和σrA蛋白的基因节段可能存在重组.因此,为了与禽正呼肠孤病毒属中的鸡源分离株相区别,提议将水禽源的ARV统称ARV-Wa,并将ARV-Wa分成两个基因型.