2012-2016年中国西南地区猪繁殖与呼吸综合征病毒的遗传变异分析

摘要

为了解中国西南地区近几年猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的遗传进化情况,对2012-2016年来采集四川和重庆地区的308份PRRSV疑似样品进行Nsp2和ORF5基因的扩增和测序分析.结果显示,139份为PRRSV阳性,阳性率为34.1％.对61株PRRSV病毒的57个Nsp2和58个ORF5基因序列遗传进化分析发现,检测毒株分别属于美洲Ⅱ型PRRSV毒株的三个亚群:JXA1-like(52/61)、VR-2332-like(7/61)和NADC30-like(2/61)亚群,其中,NADC30-like毒株为2016年西南地区首次发现的PRRSV新亚群;Nsp2推导氨基酸的序列比对表明,共有5种不同的氨基酸缺失,其中2种未见报道.对2株NADC30-like PRRSV进行全基因组遗传变异分析,结果表明,毒株SCnj16和SCcd16来源于NADC30毒株与国内流行的HP-PRRSV发生的遗传重组.本研究为中国西南地区有效防控PRRSV提供科学依据,对于加强PRRSV流行、遗传变异监测以及新型疫苗的研制十分必要.