16S rDNA克隆文库方法分析两纯系鸡回肠及盲肠黏膜细菌的组成

摘要

以1日龄纯系的优质肉鸡A系(♂,A组)和惠阳胡须鸡(♂,B组)为试验动物,研究比较两纯系鸡28日龄回肠与盲肠黏膜菌群的组成及多样性.于第28日龄分别从两组中采集鸡2个肠段并提取黏膜细菌基因组DNA,应用16S rDNA基因序列技术,建立2个肠段黏膜细菌16S rDNA V3区的随机克隆文库.回肠文库分析发现,A组文库有86个序列共产生6个OTUs(Operational Taxonomic Units),其已知序列主要属于肠球菌属、乳杆菌属、粪球菌属及梭菌属类序列,而B组文库有97个序列共产生2个OTUs,主要属于梭菌类序列;盲肠文库分析发现,A组文库有93个序列共产生44个OTUs,其优势菌群是未分类瘤胃球菌属(18.28％)、粪球菌属(13.98％)、拟杆菌属(10.75％)、Blautia(10.75％)及未分类毛螺菌属(7.53％);B组文库有97个序列共产生42个OTUs,其优势菌群是普拉梭杆菌属(17.53％)、粪球菌属(11.34％)、拟杆菌属(9.28％)及未分类瘤胃球菌属(8.25％);两组盲肠文库中其它菌属的数量存在较大差异,且未发现与大肠杆菌相关的序列.优质肉鸡A系和惠阳胡须鸡28日龄回肠与盲肠黏膜细菌的组成差异明显,尤其是瘤胃球菌属与产丁酸菌的组成比例,这种差异可能是宿主遗传的影响所致.