异源四倍体鲫鲤相对于原始亲本的基因组结构变化

摘要

异源四倍体鲫鲤这一新的物种,不仅仅是经远缘杂交产生的,同时也经历了多倍化的过程,因此对其基因组结构变化的研究颇有意义.BAC克隆插入有长片段的DNA,单个克隆可包含完整的基因(包括两端的调节区),因此由BAC克隆所组成的BAC文库是研究基因组的极佳材料.本研究随机挑取400个已构建成的异源四倍体鲫鲤BAC丈库克隆进行末端测序和20个BAC克隆进行全长测序,获得了597个BAC末端,其中两端都测到的成对末端有282对,同时得到了19个BAC全长序列.所有BAC序列(包括末端和全长)总长度为1116.249kb,据此推算异源四倍体鲫鲤基因组的GC含量为37.31％,在RepeatMasker软件中被标记的重复元件的比例为16.88％.将19个BAC全长序列放入软件FGENESH查找出22个功能基因,再将这22个基因序列分别与红鲫和鲤鱼的基因组比对获得了各基因在其原始亲本红鲫和鲤鱼中的同源基因.通过这22个功能基因在异源四倍体鲫鲤及其原始亲本之间的比较分析,展示了异源四倍体鲫鲤基因组结构变化的多样性和复杂性.