日本落叶松咖啡酸-O-甲基转移酶基因LkCOMT的克隆及单核苷酸多态性分析

摘要

依据日本落叶松转录组数据库检测到的咖啡酸-O-甲基转移酶(COMT)基因ESTs序列设计引物,分离得到一个编码该酶的新基因.其cDNA克隆全长为1350 bp,包含长度为1 092 bp的开放阅读框,可编码364个氨基酸残基.序列分析显示,所推导的蛋白质氨基酸序列包含COMT基因5个所特有的保守元件,与海岸松PpCOMT的蛋白质氨基酸序列同源性达94％.在此基础上,利用DnaSP5.0软件对日本落叶松40株基因型个体的LkCOMT序列进行了单核苷酸多样性SNPs分析,共检测到92个SNP位点,SNP发生频率为1/17bp,多样性指数πT为0.00780.在这些SNPs中,65个属于转换,27个属于颠换.在外显子区域,共检测到58个SNP位点,其中37个为错义突变,21个为同义突变.研究结果为日本落叶松基因标记辅助育种提供了理论基础.