鸡TLR4基因外显子2序列多态性分析

摘要

本文选取济宁百日鸡、莱芜黑鸡、芦花鸡、鲁西斗鸡、寿光鸡，海兰褐和AA肉鸡等7个群体，每个群体随机抽取60只鸡，翅下静脉采血1mL , EDTA抗凝并置于-20℃保存备用。从7个鸡群的420个DNA样品中各取1μL混合构建成DNA池作为模板。使用该引物进行PCR扩增获得TLR4外显子2基因序列。测序结果显示TLR4第二外显子存在2个突变位点，分别为同义突变G219A和非同义突变G247A，G247A位点由G＞A发生改变时，TLR4编码的蛋白质中a-螺旋和延伸链的的比例分别由48.64%升高到54.92%,2.14%升到2.61% ，β-转角及随机卷曲的比例由13.29%下降到10.81%,35.94%降到31.55%。因此，选用该位点进行多态性分析。除寿光鸡外，其余6个鸡群中，该位点GG基因型的频率为0.070.85，海兰褐中GG型基因型频率最低，为0.07，寿光鸡中最高，为0.85;AA基因型频率为0-0.28,AA肉鸡最低为0，济宁百日鸡最高，为0.2802适合性检验表明G247A位点在海兰褐和AA肉鸡偏离了Hardy-Weinberg平衡(P＜0.05)，而在5个地方鸡种中都处于Hardy-Weinberg平衡状态((P＞0.05)。 G247A的多态信息含量为0.1410.374，在寿光鸡中的 PIC最低，为0.141。