转录组测序分析商陆次生代谢途径相关基因

摘要

为研究商陆皂苷甲的生物合成途径,利用Illumina HiSeq4000高通量测序技术对商陆幼苗进行转录组测序,得到9.60Gb clean data,经Trinity软件组装后获得63957条unigenes,平均长度988.82bp,其中24517条unigenes(38.33％)能被Nr、Swiss-Prot、COG、KOG、Pfam、GO、KEGG等公共数据库注释.对注释得到的unigenes进行KEGG代谢通路分析,发现商陆转录组中有53个unigenes参与萜类骨架合成通路,有8个unigenes参与三萜合成通路,还有417个unigenes参与商陆其他次生代谢途径.进一步分析参与商陆皂苷甲生物合成后修饰酶相关基因,发现有130个unigenes可能具有CYP450的功能,参与商陆次生代谢产物的氧化/羟基化修饰;有46个unigenes与糖基转移酶UGT相关.商陆转录组数据的获得为研究商陆皂苷甲和其他次生代谢产物的生物合成途径奠定了基础,也为商陆药材品质的形成提供理论依据.