马铃薯(Solanum tuberosum L.)全基因组水平上LTR-逆转座子的鉴定与进化分析

摘要

LTR-逆转座子是构成基因组特别是植物基因组序列的重要组分.它们对其寄主基因组的进化过程起到关键作用.马铃薯是重要的经济作物和粮食作物.马铃薯全基因组序列的公布为人们进一步研究其遗传组成提供了遗传基础.本文以马铃薯全基因组序列为材料,分离鉴定了1613个完整的LTR-逆转座子.通过分析LTR-逆转座子在马铃薯基因组中的分布、种类、转座插入时间等信息,发现与己知的其它植物,如水稻、大豆相比,其转座高峰时期(2-4百万年)并不相同.最后,通过分析转座插入时间和编码序列的完整性,获得两个可能具有活性的转座子家族,对其序列结构和编码蛋白结构进行了分析注释.