基于转录组数据的大菱鲆(Scophthalmus maximus)功能基因SNP

摘要

本研究基于大菱虾雌雄转录组测序数据，选择其中45个SNP位点，设计引物63组，其中21(46.7%)个位点应用小片段高分辨率熔解曲线(HRM)技术分型成功。对其进行多态性检测，21个位点均具有二个单倍型。观测杂合度H。的分布范围为0.256到1.000，期望杂合度H。的范围从为0.276到0.518,19个位点符合Hardy-Weinberg平衡。14个SNP位点位于基因编码区，其中3个属于非同义突变。含有这些SNP位点的基因大多与信号转导和转录翻译相关。本研究表明，高通量转录组测序和小片段HRM适合大规模SNP标记开发，为大菱虾的分子遗传育种提供了候选标记资源。