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生物序列拼接算法--phrap的并行化研究

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生物序列的拼接是生物信息学中常见的问题,其中phrap算法是目前最流行的拼接算法之一.然而phrap算法在处理大规模数据时的运算速度以及对内存的庞大需求,已经成为需要迫切解决的问题.文章从提高算法的运行速度和降低内存的需求量入手,提出了一种并行phrap算法,并且在曙光3000高性能计算机上得到了实现,获得了较好的性能.

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来源
《国际并行算法与计算环境专题讨论会》|2003年|244-250|共7页
会议地点香港
作者
张法; 刘志勇; 乔香珍; 刘玮;
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作者单位

中科院计算机网络信息中心;

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会议组织
正文语种
原文格式 PDF
中图分类生物信息论 ; 算法理论 ;
关键词
生物信息学; 序列拼接; phrap算法; 并行化;

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