东北地区不同宿主NDV的分离鉴定与系统发育进化分析

摘要

本研究针对我国东北地区获得高免新城疫(Newcastle Disease,ND)抗体鸡群仍然发生ND的情况,应用分子流行病学技术,对所分离的18株鸡源新城疫病毒(Newcastle Disease Virus,NDV)和1株鸽源NDV进行系统发育进化分析.将NDV分离株通过差速离心纯化,以SDS-蛋白酶K(或Trizol法)提取病毒RNA,RT-PCR扩增其融合蛋白(F)基因532bp或280b关键片断,经回收克隆到pMD 18-T载体上进行核苷酸序列测定(GenBank序列号:AY208680-AY208698).核苷酸和氨基酸序列进行同源性比较,结果表明各毒株之间核苷酸同源性为83.1﹪-100﹪,氨基酸同源性为85.5﹪-100﹪;系统发育进化树分析显示,其中JL-12、HLJ-3为弱毒株,与疫苗株V4同属于基因I型;其余17株均为强毒株,其中HLJ-4、JL-14为Ⅵ型,其余15株均为基因Ⅶ型,由此可见东北地区目前新城疫的流行是由三种不同基因型的NDV毒株(Ⅰ型、Ⅵ型、Ⅶ型)所发,但以基因Ⅶ型为主,这与我国其它地区和世界上其他国家ND的流行情况趋于一致.