一种基于三维原子场相互作用矢量的新型结构表达描述子

摘要

从分子的空间三维结构出发,按照不同类型原子之间的静电和立体作用得到了一种新的分子结构表达方法--三维原子场相互作用矢量(ThreeDimensionalVectorofAtomicInteractionField,3D-VAIF).利用该矢量对20种天然氨基酸的空间结构性质进行了计算,通过主成分分析得到了单个氨基酸的特征描述子--氨基酸结构信息得分(PrincipalComponentScoresofStructuralInformationforAminoAcids,SSIA).分别使用58个血管紧张素转化酶抑制剂和48个苦味二肽对SSIA的性能进行了测试,所得模型的复相关系数R2cum和交互检验复相关系数Q2cum分别为0.789、0.773和0.856、0.837.结果表明将SSIA用于肽类似物的定量序列-活性建模效果优于传统氨基酸描述子.