一种新的DNA序列重复片段的查找算法

摘要

寻找DNA序列中的重复片段是DNA序列挖掘中的一项重要的研究内容,它是基因分析的一个重要问题。通常的方法采用特定的索引结构如后缀树、后继数组等,算法效率有待提高.提出一种新的索引结构,并在此基础上提出了MSATR算法。MSATR算法可以适用于各种不同相似度定义的DNA重复片段的查找.分析和实验表明,MSATR算法时间和空间复杂度为O(n).实验结果表明,MSATR算法有较好的查找效率,并且MSATR算法能得到较好的查找结果.