广西南方水稻黑条矮缩病毒的RT-PCR检测

摘要

南方水稻黑条矮缩病是近年来南方各省份发生为害严重的一种病毒病,其病原病毒为南方水稻黑条矮缩病毒(Southern rice black-streaked dwarf virus,SRBSDV).发病植株矮化,不能抽穗或虽能抽穗,但穗小不能结实,对产量损失极大.2009年下半年广西水稻矮缩病发生面积约16000 hm2,一般田块发病率为3％～10％,高的田块发病率为30～40％,局部严重田块发病率达80％以上,造成的损失前所未有.为了检测广西水稻矮缩病是否由SRBSDV引起,根据GenBank上发表的SRBSDV和水稻黑条矮缩病毒(Rice black-streaked dwarf virus,RBSDV)基因组第10片段(S10)的序列,设计1对引物,引物序列为SRBSDV PF(5'CGA TCT TAT CCA TAA TGG TG 3')和SRBSDV PR(5'GCC ATA GTG TGT CAC GTC TG 3'),用水稻植株的总RNA为模板进行RT-PCR,可扩增到1条大小约650nt的片段,经测序和核酸序列比对,与周国辉等(2008)报道的SRBSDV(EU523360)有2个碱基差异(有1个氨基酸的差异);与Zhang,H.-M等(2008)报道的RBSDV(EU784840)有1个碱基的差异(无氨基酸的差异);而与Ha,V.C等(2009)报道的自越南的SRBSDV(GU017742)的同源率为100％.