表达差异

摘要： 目的 研究染色体结构维持蛋白4(structural maintenance of chromosome 4,SMC4)在胰腺癌组织中的表达差异及其与临床病理特征和预后的关系,并探讨其可能发生相互作用的蛋白网络及调控的可能信号通路。方法 采用Western blotting检测中国人民解放军中部战区总医院收集的12例胰腺癌组织及癌旁组织中SMC4蛋白表达,比较表达的差异。比较GEPIA数据库中SMC4在胰腺癌组织及正常胰腺组织中的mRNA表达差异。采用Cox回归、Kaplan-Meier法分析TCGA数据库中SMC4基因表达差异与胰腺癌患者临床病理特征和预后的关系。通过STRING数据库分析与SMC4相互作用的蛋白网络。采用GSEA预测TCGA数据库中SMC4在胰腺癌中调控的可能信号通路。结果 SMC4的临床表达:(1)对我院的12例样本Western blotting检测显示SMC4在胰腺癌组织中的蛋白表达量高于癌旁组织;(2)GEPIA数据库分析显示SMC4在胰腺癌组织中的mRNA表达量高于正常胰腺组织;(3)TCGA数据库分析结果显示SMC4基因表达水平与胰腺癌患者的病理分级和T分期密切相关。Cox分析结果显示,SMC4 mRNA表达水平和N分期是胰腺癌患者预后的独立危险因素。SMC4高表达组胰腺癌患者的生存时间显著低于SMC4低表达组患者。生物信息学分析结果:(1)STRING数据库分析表明与SMC4相互作用蛋白有NCAPH、NCAPG、SMC2等;(2)GSEA研究显示,SMC4 mRNA高表达样本富集到ERBB信号通路、WNT信号通路、TGF-β信号通路等相关基因集。结论 SMC4在胰腺癌中高表达,且与胰腺癌不良预后密切相关,可能通过调节SMC2等相互作用蛋白及激活TGF-β等信号通路在胰腺癌发生发展中发挥促癌作用。

摘要： 随着对英语学习重视程度的增加,越来越多的语言学习者意识到同义词的存在。为了体现词汇的灵活性,他们通常使用同义词的转换来表达同一个意思。但是,同义词之间是否“完全相等”呢?如果两个单词为同义词,那学习者是否可以在任何语境中进行替换使用呢?为了更地道地学习英语,绝对同义词的存在问题还有待商榷。可采用定性研究方法,借助词汇词典和一些英语语料库寻找答案。通过研究发现,绝对同义词并不存在,因为所谓的同义词在一个或多个方面与对应的同义词并不对等。此外,该文还阐述了限制同义词互换性的因素,以避免词汇变化时含义的缺失。

摘要： [目的]旨在探索FSHR基因多态性与茶花鸡产蛋性能的相关性,以期挖掘出影响茶花鸡产蛋的分子遗传标记。[方法]以茶花鸡为研究对象,采用测序技术来筛选FSHR基因SNPs位点,并与茶花鸡产蛋性能进行相关性分析,通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术探究FSHR基因在高、低产组间不同组织中的基因表达情况。[结果]在FSHR基因外显子1中发现了2个SNPs位点(g.34847A→G和g.35000C→T),均属于中度多态;关联分析显示:g.35000C→T位点的TT型个体开产日龄显著高于CT型(P<0.05);CT型个体43周龄产蛋数显著高于CC型和TT型(P<0.05);FSHR基因在高产组卵巢和下丘脑中的表达量显著高于低产组(P<0.05),高产组和低产组中卵巢的表达量都显著高于下丘脑(P<0.05)。[结论]茶花鸡FSHR基因具有一定的多态性和组织表达差异,发现一些影响茶花鸡产蛋性能的潜在分子标记,为地方鸡产蛋性能分子机理及茶花鸡的选育提供了理论基础。

摘要： 【目的】探究脂代谢相关基因ABHD5在肿瘤中的表达水平及其与临床分期、预后、免疫浸润的关系。【方法】在本研究中,使用GTEx、TCGA、TIMER2.0、CPTAC数据库及免疫组织化学法、免疫印迹法探究ABHD5在泛癌中的表达模式及其与不同临床分期的相关性,使用Kaplan-Meier Plotter、Oncolnc、R2数据库探究ABHD5与预后的相关性,并使用TCGA、TIMER2.0数据库探究ABHD5与免疫细胞浸润之间的相关性,再用STRING、GEPIA数据库获取肿瘤中与ABHD5结合或共表达的基因,进行GO和KEGG富集分析。【结果】与正常组织相比,ABHD5在多种肿瘤中mRNA和蛋白表达水平下调,在少数肿瘤中升高。ABHD5高表达在8种肿瘤中与较好的预后相关,在2种肿瘤中与较差的预后相关,在9种肿瘤中与免疫细胞浸润水平呈正相关关系,并在泛癌中与中性粒细胞浸润及免疫检查点基因的表达具有显著正相关性。富集分析显示ABHD5与组蛋白去甲基化过程密切相关。【结论】ABHD5与中性粒细胞浸润、免疫检查点基因表达及组蛋白去甲基化过程相关,且与多种肿瘤的预后相关。

摘要： 叶绿素酶(Chlorophyllase,CLH)是叶绿素降解过程中的关键酶,将叶绿素a脱去植醇,形成脱植基叶绿素a。以白化茶树白鸡冠新梢叶片为材料,克隆获得3条CsCLHs基因cDNA全长序列,并进行生物信息学分析。结果表明,3条CsCLHs基因分布于2个亚家族,其蛋白质编码区(Coding sequence,CDs)长度为894~975 bp,编码氨基酸个数为297~324,蛋白质分子量为31.99~34.91 kDa,等电点为4.89~7.61,不稳定系数为38.94~48.24,其中CsCLH1.1和CsCLH1.2为不稳定蛋白,CsCLH2为稳定蛋白。Cell-PLoc亚细胞定位预测结果表明,3个CsCLHs蛋白均定位于叶绿体;而WolfPsort亚细胞定位预测结果显示,CsCLH1.1和CsCLH1.2定位于细胞质,CsCLH2定位于叶绿体。遮阴和恢复光照处理下的qRT-PCR结果显示,遮阴抑制白鸡冠叶片CsCLHs的表达,光照诱导白鸡冠叶片CsCLHs的表达。不同品种中CsCLHs表达模式分析表明,CsCLH1s在白化叶中高表达。另外,酵母单杂交结果表明,CsCDF5可以与CsCLH1.1和CsCLH2启动子结合。综上所述,CsCLHs在白化茶树叶片中可能参与叶绿素降解,在叶片白化过程中发挥重要作用,结果可为进一步探究茶树CLH基因家族的功能及茶树叶片白化机理提供参考。

摘要： 采用转录组测序(RNA-seq)技术比较澳洲坚果在7个不同发育阶段的转录组,获得了大量差异表达的Unigene序列。通过GO(Gene Ontology)分类和代谢途径富集性分析,将这些差异表达的Unigene归类于包含脂肪酸生物合成途径在内的406个代谢途径。将Unigene序列在KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库中进行比对,获得17个关键酶的同源蛋白序列。本研究通过编码这些同源蛋白的基因在澳洲坚果果仁脂肪酸合成的表达模式进行分析,可为获得澳洲坚果果仁中脂肪酸合成机制的解析提供理论参考,并为进一步的理论研究和澳洲坚果的遗传育种提供潜在的基因资源。

摘要： 目的分析乳腺癌患者中PRAS40mRNA表达量与其预后的相关性。方法通过从TCGA数据库中下载PRAS40mRNA的表达矩阵进行分析。受试者工作曲线(ROC曲线)被用来分析PRAS40mRNA表达量在乳腺癌患者中的诊断价值。使用卡方检验分析临床特征与PRAS40mRNA表达量之间的相关性。Cox回归分析PRAS40mRNA表达量与其预后的关系。结果结果显示:乳腺癌组织PRAS40mRNA表达量较正常组织表达量高。PRAS40具有较强诊断价值。PRAS40mRNA表达量与T3/T4分期患者高于T1/T2分期(P<0.05);浸润性癌患者其表达水平高于浸润性小叶癌(P<0.01);病理分期StageⅠ/Ⅱ分期的患者相较于StageⅢ/Ⅳ期患者表达水平低(P<0.05)。但是不同N分期及M分期患者PRAS40mRNA表达水平无明显统计学差异。进一步多变量分析显示:PRAS40mRNA表达水平是乳腺癌患者的独立危险因素。结论PRAS40mRNA是1个可靠的且具有预后价值的生物标记物。

摘要： 目的探究腺病毒与新冠病毒合并感染宿主基因的表达水平改变。方法从GEO数据库中下载GSE68004和GSE17400表达谱芯片,分别筛选了腺病毒感染者与新冠病毒感染细胞中的表达差异基因并取交集,通过GO/KEGG通路和PPI网络分析寻找其中的核心基因和生物学过程,并挖掘了hub基因的上游转录因子及表达情况。结果18个基因在腺病毒和新冠病毒感染中的表达水平上调,并参与了I型干扰素应答、细胞因子活化、病毒复制调控等生物学过程和分子通路。PPI网络鉴定出5个核心基因:OAS1、IFIT3、RSAD2、CXCL10和XAF1。转录因子IRF1、IRF7、STAT1和STAT2在病毒感染后的表达水平明显升高。结论表达差异化基因主要富集在干扰素应答通路,提示免疫因素在腺病毒和新冠病毒联合感染中发挥了重要作用。

摘要： 肉桂酰辅酶A还原酶(CCR)是木质素生物合成的关键酶,在植物中多以基因家族形式存在。本研究通过苎麻转录组信息,筛选并克隆了4个苎麻CCR基因家族成员(BnCCR、BnCCR-1、BnCCR-2和BnCCR-3)。序列分析结果发现4个BnCCRs可以分为3类,BnCCR属于bona fide CCR类群,BnCCR-1为CCR类似蛋白,而BnCCR-2和BnCCR-3序列在NADPH结合功能域、催化三联体以及CCR底物结合位点上均与bona fide CCR都有差异,形成了苎麻中一个新的CCR类群。跨膜结构分析显示,BnCCR含有1个跨膜螺旋区,其他3个BnCCRse无跨膜螺旋区。结构分析显示,4个BnCCRs的二级和三级结构存在差异,BnCCR-2同源建模模板不同于其他3个BnCCRs。时空表达谱分析发现,BnCCR在快速生长期的木质部具有较高表达水平,而BnCCR-2在快速生长期的韧皮部具有非常高的表达水平。体外酶活测定进一步研究发现,BnCCR具有典型的bona fide CCR催化活性和底物适应性,而BnCCR-2的表现不同于典型CCR的底物适应性,对肉桂酰CoA和芥子酰CoA表现出结合特异性。因此,苎麻中BnCCR参与木质素的生物合成,而BnCCR-2是具有不同于典型CCR结构、组织表达和体外生化功能的一个新类群,BnCCR-2可能不参与或并不仅仅参与木质素的生物合成,这为研究CCR蛋白家族的进化提供了新的参考。

摘要： 本试验选取国内常用的IBV两个商品化疫苗株(H120和4/91)及在西南地区分离到的GVI-1型IBV分离株(ZQX株)作为研究对象,进行动物免疫攻毒试验,测定不同时间固有免疫相关基因的表达变化,从天然免疫角度对两个疫苗株的免疫机理进行分析,为IBV的免疫机理和GVI-1型毒株的致病机理提供参考。结果显示:疫苗株H120和4/91对ZQX都有一定的保护作用;所选取的5个目的基因(MDA5、TLR3、TLR7、IFN-β、IL-6)在抵御IBV ZQX感染中都发挥了一定的作用,但MDA5和TLR3发挥的作用更为显著;H120免疫组感染ZQX后,固有免疫相关基因的表达比4/91免疫组更为迅速。

摘要： 本研究选取主选性状不同的肉兔专门化母系A1和专门化父系T2为研究对象，旨在从表达水平上探讨PGC-1a与生长速度、胴体以及肉质性状间的关系。研究结果表明，PGC-1a基因在T2系中的表达量极显著地高于A1系，而公母间的表达差异不显著。由于T2系的主选性状是生长速度、胴体和肉质性状等，因此，该基因可能与肉兔的这些性状有关，可以作为一个重要的分子标记进行研究。

摘要： 热休克蛋白(HSP)是胚胎发育过程中较早转录的一类蛋白质，主要的生理功能体现在参与细胞内的蛋白质折叠、装配、转运和降解、大分子蛋白组装、机体免疫、细胞凋亡等过程。HSP是机体的内源性保护机制，防御了多种应激对细胞造成的损伤，如HSP可以降解由于高温引起的蛋白凋亡，可以修复由于低氧、缺血、氧化应激等引起的蛋白损伤。近年来，对热休克蛋白功能的研究主要集中在人和小鼠上。因此，我们利用IVF胚胎研究HSP候选基因的表达差异；对于表达差异较大的基因，对其进行遗传变异与繁殖性状之间的关联分析。

摘要： 本实验以体外培养的2、4、6、8天的猪脂肪细胞为研究对象,提取其总RNA,通过半定量RT-PCR和免疫荧光技术检测RXRα在不同分化阶段的转录水平和蛋白水平的表达差异.半定量RT-PCR结果显示RXRα在猪前体脂肪细胞分化的第2d就开始表达,随分化的进行,尽管表达具有下降趋势,但在2-8d表达差异不显著；免疫荧光结果指出RXRα蛋白分布在脂肪细胞核内,在分化的2、4、6、8d均持续表达。

摘要： 钙蛋白酶1基因参与肌肉生长过程中蛋白质的更新，并且与动物肌肉的增长和嫩度有密切的相关。本次试验以地方品种四川山地乌骨鸡和优质鸡“大恒”S01系为试验材料,采用实时荧光定量PCR分析CAPN1基因在四川山地乌骨鸡出生后1d、14d、28d、42d、56d、70d和84日龄等7个时间点的组织和时空表达差异,同时分析了CAPN1基因在10周龄两个品种间的组织表达差异。试验结果显示：CAPN1基因在四川山地乌骨鸡出生后的各个阶段和各种组织中都有表达。CAPN1基因在胸肌组织中的表达量显著高于其它组织(P＜0.05)。CAPN1基因在胸肌组织中表达规律在不同时间点总体呈“上升-下降-上升”的趋势。70日龄S01系各组织中CAPN1基因的表达量均高于70日龄山地乌骨鸡各组织中CAPN1基因的表达量。本次试验结果可能为CAPN1基因在鸡生长发育过程中组织和时空表达研究提供重要依据。

摘要： 阐明藏黄牛、牦牛、中国荷斯坦牛β-乳球蛋白(β-Lg)遗传变异体在乳中表达差异的分子基础.采用聚丙烯酰胺凝胶电泳确定乳中β-Lg遗传变异体及其相对表达量,然后利用PCR方法扩增β-Lg启动子部分序列(375bp)并直接测序.在杂合型β-Lg个体中,中国荷斯坦牛乳中β-Lg A的相对表达量(63.7±2.9％)均一致性地高于β-Lg B,而藏黄牛乳中二者比例十分接近,但个体差异差异较大.16个测序样品中共检测到13处碱基突变,其中有5处为牦牛特异的.另外,在牦牛β-Lg启动子-452与-453之间,还存在一个插入碱基.β-Lg启动子-430碱基在中国荷斯坦牛中表现为等位基因特异的,而在藏黄牛中无等位基因特异性.

摘要： 本研究将猪TSC1基因和TSC2基因作为维持原始卵泡静止的候选基因，拟比较两者在青年母猪、成年黄体期和卵泡期母猪卵巢中的表达差异，为研究该基因的卵巢功能提供基础资料。

摘要： 过氧化物酶体增殖物活化受体激活因子l(PGC-1)是受寒冷和运动诱导激活的协同因子，它在能量和脂肪代谢中扮演不可或缺的作用。它是连接核受体和适应性生热、线粒体新生和呼吸、脂肪生成以及脂肪细胞分化等生物过程中的重要因子(Puigserver & Spiegelman.2002)，同时它也是确定肌纤维类型的主要因素(Lin et al.2002)。因此，PGC-1基因可能是通过影响脂肪沉积、肌内脂肪含量(IMF％)以及肌纤维组成等而影响猪肉质的一个重要候选基因。

摘要： 以姜黄素处理人食管癌EC9706细胞,应用双向聚丙烯酰胺凝胶电泳与质谱鉴定技术研究细胞凋亡中核基质蛋白表达的差异。rn 结果,共鉴定出12个核基质蛋白点,其中8个表达上调或新出现的蛋白,4个表达下调的蛋白.表明了,诱导肿瘤细胞凋亡中发生着特异核基质蛋白的变化和对肿瘤细胞凋亡的调控作用,这对揭示核基质蛋白组成与细胞凋亡的关系有重要意义。

摘要： 以姜黄素处理人食管癌EC9706细胞,应用双向聚丙烯酰胺凝胶电泳与质谱鉴定技术研究细胞凋亡中核基质蛋白表达的差异。rn 结果,共鉴定出12个核基质蛋白点,其中8个表达上调或新出现的蛋白,4个表达下调的蛋白.表明了,诱导肿瘤细胞凋亡中发生着特异核基质蛋白的变化和对肿瘤细胞凋亡的调控作用,这对揭示核基质蛋白组成与细胞凋亡的关系有重要意义。

摘要： 以姜黄素处理人食管癌EC9706细胞,应用双向聚丙烯酰胺凝胶电泳与质谱鉴定技术研究细胞凋亡中核基质蛋白表达的差异。rn 结果,共鉴定出12个核基质蛋白点,其中8个表达上调或新出现的蛋白,4个表达下调的蛋白.表明了,诱导肿瘤细胞凋亡中发生着特异核基质蛋白的变化和对肿瘤细胞凋亡的调控作用,这对揭示核基质蛋白组成与细胞凋亡的关系有重要意义。

摘要： 本发明涉及生物信息技术领域，具体涉及一种联合基因组三维结构差异鉴定和转录组基因表达水平差异分析挖掘功能基因的方法。本发明提供一种基因组三维结构差异的鉴定方法，包括在Hi‑C数据的基础上进行差异AB Compartment的鉴定、差异TAD的鉴定和差异Loop的鉴定，利用该方法可实现利用原位Hi‑C数据对动植物进行不同层级的基因组三维结构差异的高效鉴定。本发明提供利用该基因组三维结构差异鉴定方法联合转录组基因表达水平差异分析挖掘功能基因的方法，利用该联合分析方法可实现从基因组三维结构与转录组两个层面进行差异分析，进而实现对动植物功能基因的高效挖掘。

摘要： 本发明涉及亚洲玉米螟不同发育时期表达基因标签库及差异表达基因，以及它们的获得方法。本发明的方法用于从无基因组参考序列的物种中获得基因表达时期、基因在不同时期的表达量及不同时期间差异表达的信息，所述方法方便、快捷、准确且成本低廉。

摘要： 本发明公开了一种个体差异表达蛋白质的识别方法，该方法包括以下步骤：S1、对蛋白质丰度数据进行预处理；S2、验证正常队列的蛋白质丰度数据中是否存在高度显著的蛋白质对；S3、选取个体层面差异表达算法中的参考组；S4、基于参考组采用个体层面差异表达算法识别差异表达蛋白质；该发明首先基于蛋白质丰度数据的特征，对蛋白质丰度数据进行预处理，去除变异系数高以及缺失值比例高的蛋白质，减少蛋白质定量误差对个体差异蛋白结果的影响；其次基于蛋白质稳定对选取参考组，并且利用迭代的方法，不断优化参考组中存在差异表达的蛋白质，保证了参考组的稳定性，可在个体水平上有效识别差异表达的蛋白质，识别精度高，应用前景好。

摘要： 本发明公开了基于分层自注意力机制的差异表达基因预测系统，包括：获取模块，获取待测细胞对对应基因的表观遗传学数据；根据表观遗传学数据，构建不同表观遗传因素的输入矩阵；编码模块，将每种表观遗传因素的输入矩阵，输入到第一自注意力机制层对应的自注意力机制模块中，得到每种表观遗传因素的编码向量；特征提取模块，将每种表观因素的编码向量，输入到第二自注意力机制层的自注意力机制模块中，得到最终的特征嵌入向量；预测模块，将最终的特征嵌入向量输入到训练后的分类器中，得到差异表达基因预测结果。利用表观遗传学数据自动构建特征，同时识别重要的特征位点和表观遗传因素来进行可解释的基因差异表达预测。

摘要： 一种药物作用后差异转录表达谱及药物适应症的预测方法，包括：建立预测药物作用后差异转录表达谱的深度学习模型；基于深度学习模型预测药物作用后差异转录表达谱，预测包括不同细胞系、扰动时长与药物剂量条件下的差异转录表达谱；以及将预测获得的药物作用后差异转录表达谱与已有药物的差异转录表达谱进行相似性比较，预测药物的适应症。还公开了对应的系统、电子设备以及可读存储介质，直接通过药物的分子信息，预测药物在不同种类细胞系、不同剂量、不同处理时间后的差异转录表达谱，一定程度上减少临床前开发的资金与时间投入，与已知适应症药物的表达谱进行相似度计算，选出潜在的适应症，减少不必要的临床实验，提高临床实验的成功率。

摘要： 本发明公开了一种RNA‑seq差异表达基因的判定方法及应用，涉及单细胞生物技术领域，该判定方法包括步骤为：随机噪声干扰基因去除，使用t‑test对每一个基因进行差异性检测以找出非差异表达基因作为阴性对照，使用PLS对分类相关分量进行建模，使用最小均方误差方法去除分类无关分量，基于处理过的数据和非差异表达基因找出离群值，判断为差异表达基因；该判定方法在对比不同条件下的细胞表达谱特征的区别的应用。本发明中判定标准的选择依靠数据驱动的自适应算法，可以根据不同的数据自动调整的，并不需要人为干预，从而降低了人为干预误差。

摘要： 本发明公开了凤丹耐涝差异表达基因及基于转录组测序挖掘的方法，属于油用牡丹耐涝基因技术领域。包括以下内容：（1）在涝害胁迫处理和正常条件下分别培养凤丹盆栽苗，获得实验组和对照组组织样本；（2）对上述组织样本分别提取RNA，进而进行转录组测序；（3）对测序获得的数据进行整理分析，获得差异表达基因，筛选出参与凤丹涝害胁迫的数个unigenes，并对基因的基本功能和其参与调节的信号通路进行分类。本发明以凤丹内在的遗传基因作为起点，基于转录组对牡丹耐涝的基因进行分析，筛选出耐涝害胁迫的基因，以期用来培育耐涝的凤丹新品种或者新种质，达到提高‘凤丹’籽油产量和品质的目的。

摘要： 本发明公开了衰老相关差异表达基因在制备细胞衰老诊断试剂盒中的应用，属于生物医学技术领域。本发明经过筛选与验证，首次发现衰老相关差异表达基因SIRT3、E2F3、IRS2这三个基因的蛋白表达水平及m6A RNA甲基化修饰水平，可用于鉴定及诊断细胞的衰老的状态，解决了目前在细胞衰老领域存在的诊断标志物欠缺问题，为细胞早衰及年龄相关疾患的早期预防和靶向治疗提供参考依据。

摘要： 本发明涉及生物医药领域，具体涉及一种基于岩藻糖基化细胞外囊泡中差异化表达miRNA的肝癌预测模型建立及应用，通过GlyExo糖捕获技术快速有效的捕获样本中岩藻糖基化细胞外囊泡，通过NGS测序技术、生信分析技术可有效获得肝癌患者样本的差异化表达miRNA的组合，共涉及75个差异化表达miRNA，通过对差异化表达miRNA单变量分析、或模型组合分析，可有效区分肝癌样本和非肝癌样本，充分体现了基于糖基化细胞外囊泡miRNA在肝癌诊断领域具有重大的临床应用前景。本发明为肝癌早期诊断提供了一种与现有检测方法完全不同的全新检测策略，可有效避免现有检测方法的缺陷，其综合应用的临床价值更高。

摘要： 本发明提供弓形虫感染动物宿主脑组织差异表达基因的筛选方法及其应用，通过利用应用转录组测序技术配合生物信息学分析弓形虫感染前动物宿主脑组织的基因表达差异情况，筛选鉴定弓形虫感染动物宿主后脑组织的差异表达基因。该方法能快速有效地进行基因表达差异的研究，为揭示动物宿主感染弓形虫后的机体免疫应答提供参考，采用qRT‑PCR方法对其中的10个差异表达基因CCL5、CCL8、CCL23、CASP8、TLR1、TLR4、STAT1、ROS1、NOS1、NOS2进行了验证，将筛选到的差异表达基因作为诊断宿主弓形虫脑部感染的靶标基因，有利于包括果子狸及其他野生动物在内的动物宿主脑部弓形虫感染的准确判别，为野生动物弓形虫感染的诊断提供诊断靶标。