差异表达蛋白

摘要： 本试验旨在探索家蚕体适应桑叶营养物质变动的微观机制。首先检测老、嫩2种成熟度桑叶的水分、粗蛋白质、粗脂肪、可溶性糖、还原性糖、多糖、总黄酮、总多酚和1-脱氧野尻霉素(1-DNJ)含量,然后采用相对和绝对定量同位素标记(iTRAQ)技术分析由这2种桑叶饲喂3 d的5龄家蚕脂肪体蛋白质组表达谱,并对差异表达蛋白进行生物信息学分析。结果显示:嫩桑叶的粗蛋白质、粗脂肪、还原性糖、总黄酮、总多酚、1-DNJ含量极显著高于老桑叶(P1.25或<0.80]的功能富集分析发现,GO和KEGG通路注释到这些蛋白主要参与物质代谢、运输和贮存,应激和免疫反应,机体发育等生物学过程。差异表达蛋白互作网络分析筛选到核糖体蛋白和神经前体细胞表达发育下调蛋白8(NEDD8)的网络中心性高。综上可知,桑叶成熟度显著影响其营养物质含量,引起摄食老、嫩桑叶家蚕脂肪体蛋白质组灵敏、广泛的差异响应。

摘要： 研究白粉菌胁迫对苦荬菜叶片生理指标及蛋白组的影响,为揭示苦荬菜响应白粉菌胁迫的分子机制奠定基础。以龙牧苦荬菜(Lactuca indica L. cv. Longmu)为试验材料,测定其接种白粉菌72 h后叶片生理指标的变化,并利用同位素相对和绝对定量标记技术联合液相色谱-串联质谱技术(iTRAQ-LC-MS/MS)结合生物信息学方法分析叶片差异表达蛋白及其富集情况。结果表明,接种白粉菌后过氧化物酶活性较对照极显著增加(P<0.01),丙二醛含量和超氧化物歧化酶活性均显著增加(P<0.05),总叶绿素、叶绿素a和叶绿素b含量均下降。共筛选出200个差异表达蛋白,其中上调表达的蛋白有161个,下调表达的蛋白有39个。经过蛋白注释和富集分析,筛选出含Bet v 1结构域蛋白、含几丁质结合1型结构域蛋白、过氧化物酶、细胞色素P450、4-香豆酸-辅酶A连接酶-7、咖啡酸3-O-甲基转移酶和大根香叶烯A羟化酶7种差异表达蛋白与苦荬菜响应白粉菌胁迫有关。苦荬菜在白粉菌胁迫下,次生代谢和病程相关等蛋白显著上调表达以响应白粉病侵染,推测过氧化物酶可能在机体响应白粉菌胁迫的调控中发挥了重要作用。

摘要： 目的:利用生物信息分析筛查骶上脊髓损伤后神经源性膀胱中逼尿肌的差异表达蛋白(differentially expressed proteins,DEPs)和关键信号通路。方法:采用Hassan Shaker脊髓横断法制作骶上脊髓损伤模型,利用TMT定量标记技术检测逼尿肌中表达的蛋白质,将差异倍数(fold change,FC)>1.2或<1/1.2,P<0.05,独立肽段(unique peptide)≥2的蛋白质定义为DEPs,使用Metascape对DEPs进行KEGG通路富集分析。利用STRING及Cytoscape软件构建PPI网络,使用Cyto Hubba插件结合蛋白质的degree值筛选前10位的DEPs。结果:模型组较空白组大鼠漏尿点压力、膀胱最大容量和逼尿肌收缩频率明显升高(P<0.01);HE染色显示模型组逼尿肌移行上皮增厚,肌纤维排列层次欠清晰。在逼尿肌中总共筛选出了244个DEPs,其中上调128个,下调116个;KEGG中显著富集了磷酸戊糖途径、肌动蛋白细胞骨架调节和多巴胺能突触等15条信号通路;通过Cyto Hubba筛选出前10位的DEPs:6-磷酸葡萄糖脱氢酶(glucose dehydrogenase 6-phosphate,G6pd)、突触素(synaptophysin,Syp)、微管相关蛋白(microtubule-associated protein,Mapt)等。结论:糖代谢、细胞骨架信号系统、多巴胺能突触等方面可成为骶上脊髓损伤后逼尿肌无抑制性收缩的潜在干预靶点。

摘要： 目的寻找门脉高压性胃病(portal hypertensive gastropathy,PHG)患者与正常人胃黏膜之间差异表达蛋白,并探索这些蛋白参与的功能及信号通路。方法选取5例肝硬化PHG患者及5名健康志愿者,在胃镜下钳取胃黏膜组织,通过非标定量技术以及基于质谱的定量蛋白质组学技术进行定量比对,寻找差异表达蛋白,并对其进行生物信息学分析,且选取差异表达最明显的蛋白,通过平行反应监测(parallel response monitoring,PRM)进行验证。结果共筛选出178个差异表达蛋白,其中上调蛋白84个,下调蛋白94个,它们主要参与补体和凝血级联反应通路。而上调蛋白Tenascin和Elastin参与间质增生、调节血管平滑肌增生和结构塑造等,下调蛋白Haptoglobin和Coagulation factorⅫ则参与肝脏回收血红素铁、抗氧化、凝血和纤溶反应等。结论肝硬化PHG患者与健康人相比,其胃黏膜上存在多种差异蛋白,这些蛋白参与了肝硬化及PHG的病理生理过程。

摘要： 神经病理性疼痛(neuropathic pain,NP)是常见的疼痛疾病,主要为神经系统损伤引起的疼痛。NP的诊治仍然存在难点,其病理机制也有待进一步的探索。蛋白质组学是对某一特定组织包含的全部蛋白质进行鉴定分析与定量研究的技术,广泛应用于病理机制、生物标志物、药物治疗靶点等方面的研究。本文对蛋白质组学在NP的研究现状进行综述。在基础研究方面,发现NP动物模型在代谢酶类、信号转导和氧化应激等方面的蛋白水平发生显著改变。在临床研究方面,发现带状疱疹后神经痛等疾病导致氧化应激、细胞外基质蛋白、丝裂原活化蛋白激酶信号通路等蛋白水平有显著变化。蛋白质组学研究通过筛选出特定方向的蛋白质表达差异,为进一步研究NP的发病机制、治疗靶点等方面提供了重要参考。

摘要： 盐碱胁迫抑制作物穗的发育与生长,并直接影响作物的产量与品质。为了考查碱胁迫下燕麦穗组织的蛋白组学响应机制,以碱抗性燕麦品种Vao-9和碱敏感品种Xin-17为材料,抽穗期进行短期碱胁迫处理,对其进行蛋白组学分析。结果表明,与对照相比,碱处理后的Vao-9表型稳定,穗组织没有明显变化,而Xin-17的穗生长发育则明显被抑制;Vao-9穗组织中,参与蛋白合成、修复加工过程的蛋白以及参与次生代谢、谷胱甘肽代谢等的酶类显著增加,而Xin-17穗组织中,参与多糖类降解、能量转化的酶类以及PRs类蛋白显著增加。总体上,抗性品种表现为主动防御,而敏感品种表现为被动消耗。

摘要： 目的利用TMT标记定量蛋白质组学技术筛选出T10脊髓损伤后T10~L2脊髓组织的差异表达蛋白(differentially expressed proteins,DEPs)并对其进行生物信息学分析,以期挖掘出T10脊髓损伤后膀胱颈功能障碍(bladder neck dysfunction,BND)的潜在治疗靶点。方法40只大鼠采用随机数字表法分为假手术组(12只)和造模组(28)只,造模组28只大鼠采用Hassan Shaker脊髓横断法制备T10脊髓损伤模型,从符合要求的模型大鼠中随机抽取12只作为模型组。所有大鼠行尿流动力学检测和HE染色,采用TMT检测出T10~L2脊髓组织中表达的蛋白质,将差异倍数(fold change,FC)>1.2或<1/1.2、P<0.05、unique peptide≥2的蛋白质定义为DEPs,使用KOBAS 3.0对DEPs进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。利用STRING及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,利用cytoHubba插件及DEPs的度(Degree)值筛选出排名前35位的关键DEPs,并通过GluGO插件对35个关键DEPs所参与的生物过程进行分析。结果与假手术组相比,模型组大鼠漏尿点压力和最大膀胱容量明显增大(P<0.01);HE染色结果显示,模型组膀胱颈组织中出现炎细胞浸润,平滑肌壁增厚;模型组T10~L2脊髓组织出现神经元崩解,坏死后空洞形成,神经胶质细胞增生。TMT结果显示,在T10~L2脊髓组织中共筛选出了151个DEPs,其中84个蛋白上调、67个蛋白下调;KEGG分析发现151个DEPs,主要参与趋化因子信号通路、NOD-样受体信号通路、细胞坏死、细胞凋亡、多巴胺能神经突触和谷氨酸能突触等16条信号通路。35个关键DEPs主要参与了巨噬细胞活化、神经胶质细胞的激活、小胶质细胞的激活和神经炎症反应等生物过程。结论T10脊髓损伤后,T10~L2脊髓组织中C1qa、Clu、Snca、Pycard、Glul、Capn1、Ctsz和Ctsd可能是降低脊髓继发性损伤风险的潜在治疗靶点;T10~L2脊髓组织中多巴胺能突触和谷氨酸能突触信号途径可能成为治疗T10脊髓损伤后BND的新方向。

摘要： 目的 应用蛋白质组学技术,基于sigFeature变量筛选方法,获得小麦不耐受患者血清差异表达蛋白;利用富集分析获得差异蛋白生物学解释,为小麦不耐受发病机制的研究提供依据。方法 收集小麦不耐受患者和对照组血清样本;应用TMT标记定量蛋白质组学技术获得蛋白表达数据、sigFeature方法筛选差异表达蛋白;进行差异蛋白GO功能注释和KEGG富集分析,外部数据集进行差异蛋白验证。结果 TMT技术鉴定蛋白849个,sigFeature筛选获得差异蛋白22个。富集分析结果:GO富集分析发现差异蛋白参与血小板脱颗粒、急性期反应等生物学过程;KEGG富集分析发现差异蛋白参与补体与凝血级联通路。外部验证结果:ITIH2蛋白的ROC曲线下面积最大,AUC值为0.8673。结论 补体系统抑制和脂质代谢过程的改变是小麦不耐受发生的重要环节;ITIH2蛋白可能是小麦不耐受的关键蛋白;本研究从人体血清蛋白质组学的角度,为探究小麦不耐受的发生和调控机制提供依据。

摘要： 旨在对鸡精浆蛋白组进行分析,筛选与弱精症相关的蛋白.本试验选择同批次孵化的宁都黄鸡公鸡进行精液品质检测,每隔3 d进行1次镜检,共进行3次.选择前向精子比例＜20％,且直线前向精子比例＜10％的个体作为试验样本,前向精子比例＞80％,且直线前向精子比例＞40％的个体为对照样本,每组各4只.利用液相色谱-质谱(LC-MS/MS)技术开展鸡精浆蛋白组学的研究,筛选与弱精症相关的差异蛋白.结果显示,宁都黄鸡弱精组的精子活力和密度极显著低于对照组(P＜0.01).两组间共筛选到差异表达蛋白78个,5个差异蛋白在弱精组中表现为上调,其余差异蛋白表现为下调.角蛋白9(KRT9)和硒蛋白P-2(SEPP2)仅在弱精组中检测到表达;4-羟基-2-氧戊二酸醛缩酶(HOGA1)、苯丙氨酸羟化酶(PAH)和卵磷脂胆固醇酰基转移酶(LCAT)仅在对照组中检测到表达.经GO注释和KEGG通路分析,差异蛋白功能集中于新陈代谢、糖酵解、碳代谢和氨基酸合成等生物途径.本研究筛选的宁都黄鸡弱精症和正常公鸡精浆差异表达蛋白可作为今后鸡弱精症筛查和治疗的候选靶点,通过进一步功能分析与验证为阐明弱精症的发病机理提供依据.

摘要： 目的 分析黄体生成素(luteinizing hormone,LH)干预卵巢颗粒细胞后差异蛋白的表达,探讨LH对颗粒细胞作用中重要蛋白及其生物学功能.方法 体外分离培养大鼠原代卵巢颗粒细胞,给予LH处理3 h为实验组,生理盐水处理作为对照组.通过液相色谱-质谱(liquid chromatography-mass spectrometry,LC-MS)联用法得到蛋白样品二级质谱,利用质谱数据库筛选显著差异表达蛋白,对差异表达蛋白进行生物信息学分析,并通过Western blot对部分差异蛋白进行验证.结果 与对照组相比,LH干预组共有57个蛋白表达有显著差异,其中25个上调,32个下调;生物信息学分析显示多数差异蛋白具有结合活性和催化活性,主要富集于酶代谢过程中及参与调控细胞代谢过程;Western blot验证发现调控细胞增殖与极性的蛋白Pard3、Mark3表达上调,抗氧化应激蛋白Gstp1和Nqo1的表达量下调,与蛋白质组学结果一致.结论 LH可引起卵巢颗粒细胞多种差异蛋白表达,影响颗粒细胞间的结合方式、激素合成能力、氧化应激及细胞周期和增殖等功能,且差异蛋白涉及多条相关细胞信号通路传导,提示LH从多方面影响卵巢颗粒细胞的功能.

摘要： 利用iTRAQ技术结合LC-MS/MS对荧蒽不同诱导时间的红球菌BAP-1差异蛋白进行功能聚类以及生物信息学分析,以研究荧蒽高效降解菌的蛋白功能调控机理.本研究共鉴定到796个差异蛋白(Fold change＞2,Q-value≤0.05),其中表达上调613个,下调183个.三个比对组(3d/1d,6d/1d和8d/1d)共同差异表达蛋白为111个(上调56个,下调55个).COG功能分析发现绝大部分差异蛋白参与到能量产生与转化,氨基酸转运与代谢,以及翻译,核糖体结构与生物合成过程.GO富集分析发现大部分蛋白参与到生物过程中的氧化还原反应,能量产生和代谢过程,在分子功能中主要参与氧化还原活性,在细胞组件中更多蛋白参与到高分子配合物和细胞器部分.pathway富集分析发现参与不同环境中的微生物代谢通路的蛋白数量最多,磷酸肌醇代谢富集因子较高.上调关键蛋白有细胞色素C,三磷酸腺苷合成酶,二磷酸核苷等激酶,还有一些结合蛋白,脱氢酶,核糖体蛋白和趋药性蛋白等;下调显著的是5-甲基四氢蝶酰三谷氨酸-同型半胱氨酸甲基转移酶.这些蛋白共同组成蛋白互作网络调控荧蒽降解菌的一系列生命活动.

摘要： 目的:探讨不同证候食管癌病人血清差异表达蛋白. 方法:建立食管癌血清标本库及与其对应的食管癌患者临床资料数据库,筛选其中严格配对的21例食管癌患者血清,并筛选出与之配对的7例正常人血清,分为食管癌患者与正常对照,痰气交阻型、津亏热结型、瘀血内结型、气虚阳微型、津亏热结型分别与正常组及四证型两两比较共11组;运用抗体芯片AAH-BLG-1筛选食管癌患者及其各证型血清差异表达蛋白质,采用AAH-BLG-1数据分析软件来进行数据分析,对差异蛋白进行主要功能分类和信号通路分析. 结果:食管癌患者组与正常对照组共存在37个差异表达蛋白;与正常对照血清比较,痰气交阻型患者有100个差异表达蛋白,津亏热结型有22个差异表达蛋白,瘀血内结型有16个差异表达的蛋白,气虚阳微型有25个差异表达的蛋白;证型组间比较,津亏热结型组与痰气交阻型有29个差异表达的蛋白,瘀血内结型与津亏热结型有6个差异表达的蛋白,瘀血内结型与气虚阳微型有14个差异表达的蛋白,瘀血内结型(B)患者组与痰气交阻型(P)患者组共存在8个差异表达的蛋白;津亏热结型与气虚阳微型有7个差异表达的蛋白,气虚阳微型与痰气交阻型有31个差异表达的蛋白.差异蛋白参与多条信号传导通路,具有促进肿瘤发生发展、肿瘤的生长、血管生成、破坏机体组织的正常生长和发育等功能. 结论:本研究为探讨食管癌癌变机制和中医证候分子病机以及筛查食管癌血清分子标记提供了新的依据.

摘要： 多环芳烃(polycyclic aromatic hydrocarbons,PAHs)是广泛存在于环境中的有机污染物,在环境中具有持久性和积累性,具有潜在的"三致"效应.芘是高分子量稠环芳烃,结构稳定,是检测PAHs污染的指示物.微生物降解是去除环境中PAHs的重要途径,而关于微生物在降解PAHs过程中蛋白质组学方面的研究还有待深化.因此，明确菌株在降解PAHs过程中的生理响应及相关差异蛋白，将有助于微生物修复PAHs的调控。本研究以芘为高分子量PAHs典型代表物，探讨了短短芽孢杆菌(Brevibacillus brevis)对水体中芘的降解性能，同时利用双向电泳技术研究了该菌在降解芘过程中的差异表达蛋白。

摘要： 本文利用蛋白质组学技术对脑出血动物模型出血周围的脑组织进行动态研究,旨在比较出血早期超急性期和急性期的脑组织差异表达蛋白.利用立体定向仪制作大鼠尾状核脑出血动物模型,取病灶周围脑组织为样本,提取脑组织蛋白,进行双向凝胶电泳及染色,软件ImageMaster 2D Elite分析电泳图谱;然后酶解胶内感兴趣的蛋白质,所得肽段用基质辅助激光解析/电离-飞行时间(MALDI-TOF)质谱仪检测,得到的肽片段质量指纹图谱检索蛋白质数据库,鉴定出差异表达蛋白.最后鉴定出不同时期的部分差异表达蛋白，这有利于人们在蛋白质水平上对脑出血后疾病的病理损伤机制的全面整体的认识。

摘要： 目的：使用蛋白组学及代谢组学技术研究卵巢上皮癌多药耐药患者血清中差异表达的蛋白质及代谢化合物,寻找卵巢上皮癌多药耐药相关的诊断标志物及探索多药耐药的发病机制,进而找到逆转耐药治疗的靶点.rn 方法：收集临床上卵巢上皮癌(EOC)铂类耐药患者(PTR)、非耐药患者(PTS)、卵巢良性囊肿(BOC)及正常健康人(NC)四组血清各10例,每组的10例样品混合成一个pool,使用Human14亲和柱去除血清中高丰度蛋白后,收集去除高丰度蛋白后的组分用于蛋白组学的分析.本实验采用基于iTRAQ的蛋白组学技术分析不同分组血清差异蛋白表达谱，然后借助生物信息学方法筛选出有重要价值的蛋白质，采用Westernblot及ELISA技术验证其表达的规律;此外，从蛋白组学分析的样本中抽取132例临床血清样本，包括PTR,PTS,BOC及NC四组，利用液质联用正离子模式检测四组血清代谢指纹谱。rn 结果：两次iTRAQ实验总共鉴定三白多种蛋白，本研究对四组样本中两两进行对比分析，重点关注PTS及PTR间的差异表达，两组鉴定到62个有统计学意义的差异表达蛋白，使用生物信息学方法对这62个蛋白进行全面分析，并采用Western blot及ELISA技术对部分差异蛋白进行验证，表达趋势与质谱一致。代谢组学共检测到25800个代谢化合物，使用主成分分析(PCA)对数据降维后，并结合临床资料进行分析后得到6个对EOC多药耐药意义重大的差异代谢物。rn 结论：差异表达蛋白SERPINA1,FN1,ORM1及6个差异代谢物可对EOC化疗的疗效起到监测作用，可能参与EOC多药耐药的生物过程，是EOC多药耐药潜在的诊断标志物及逆转耐药治疗药物的作用靶点。

摘要： 本试验以南方地区特色物种水牛为研究对象，比较分析畸形率高和正常水牛精子差异表达蛋白，初步筛选出与精子形态有关的蛋白，从而为进一步理解精子形态异常机制提供理论基础。

摘要： 目的:本试验旨在确定猪肺MVECs在PRRSV感染中的相关功能分子,并筛选出对其具有显著调控作用的中药成分. 方法:使用蛋白芯片技术检测PRRSV感染猪肺MVECs差异蛋白的表达情况;Western Blot、ELISA检测猪肺MVECs上所筛选因子的表达变化. 预期结果:筛选出PRRSV影响猪肺MVECs的差异表达蛋白;确定PRRSV感染猪肺MVECs的主要功能分子;筛选出至少一种能够调控PRRSV感染猪肺MVECs功能的中药成分. 创新点:PRRSV感染猪肺MVECs对其功能的影响目前尚未见报道,这对阐明PRRSV感染的致病机制有重要意义;从调控猪肺MVECs功能的角度研究中药在PRRSV感染过程中的抗炎抗病毒作用,为临床用药提供参考.

摘要： 目的: 锰是人体必需微量元素,但过量的环境和职业锰暴露能够引起机体发生类帕金森氏综合征等神经退行性损伤为主的病理改变.目前发病机制尚不明了.本研究旨在探查临床可介入性生物样本脑脊液中锰毒性相关的差异表达蛋白谱,为今后深入的毒性机制研究和病程相关生物标志物研究提供科学数据.rn 方法:本研究运用非标记(label free)定量蛋白质学组技术分析比较成年大鼠经腹腔注射暴露于氯化锰(以锰计,6mg Mn/kg BW)1个月(亚急性)、3个月(亚慢性)及3个月加30天恢复期后与其相应对照纽(腹腔注射生理盐水)大鼠的脑脊液中蛋白质的差异表达情况,并根据蛋白质的基因本体(gene ontology,GO)注释对所鉴定蛋白进行了分类分析。rn 结果:本研究共鉴定到173个蛋白质,经差异性比较与重复蛋白剔除后获得1 2 3个锰毒性相关的差异表达蛋白、其中,染锰后55个蛋白质表达量上调,68个蛋白质表达量下调.根据差异性,123个差异表达蛋白可分为四个层次,分别为表达升高(4个),表达下降(2个),仅在对照组鉴定到(66个).仅在染毒组鉴定到(51个).对123个差异蛋白按其GO注释分别进行细胞组件、分子功能及生物学过程分类后发现,差异表达蛋白主要来自于细胞核、细胞外基质及细胞质,以结合功能为主,少数参与代谢、应对刺激等生物学过程,半数以上的生物学过程未知。rn 结论:由于脑脊液中的蛋白质多数都是由脉络丛纽织合成分泌的,因此上述脑脊液中差异表达的蛋白质组不仅可以作为锰神经毒性作用引起的神经退行性疾病的潜在的生物学标志物,而且还为锰致脉络丛(血-脑脊液屏障的组织基础)上皮细胞毒性损伤作用分子机制的深入研究提供线索和实验基础。

摘要： 目的：通过分析子宫腺肌症患者异位子宫内膜和正常对照在位子宫内膜的差异表达蛋白,寻找子宫腺肌症发病相关蛋白,为该病的研究提供新靶点。方法：取经病理学确诊的子宫腺肌症患者和正常对照个体各10例,分别提取腺肌症患者异位子宫内膜和对照在位子宫内膜总蛋白,建立这两种组织的蛋白二维电泳图谱,PDQuest软件分析异位子宫内膜和在位子宫内膜之间差异表达蛋白.结果：分别在子宫腺肌症异位子宫内膜和正常对照在位子宫内膜组织中检测到662个和587个蛋白斑点,分析结果表明腺肌症与正常内膜组织之间共有63个差异表达蛋白:与正常对照相比,腺肌症组织中有38个蛋白表达升高.25个蛋白表达下降.结论：子宫腺肌症异位子宫内膜与正常在位子宫内膜之间存在多个差异表达蛋白,对这些差异表达蛋白进一步筛选分析,有望找出子宫腺肌症真正的致病蛋白,为相关研究提供候新思路.

摘要： 脑脊液(cerebrospinal fluid，CSF)是脑室脉络丛分泌的一种无色透明的液体，内含有一些小分子物质如盐和肽，蛋白质，酶等一些生理上有重要作用的物质，这些物质的浓度如果发生变化，或蛋白和肽的修饰等能够精确反映中枢神经系统疾病的病理过程，所以CSF提供了一个研究中枢神经系统疾病的独特窗口。蛋白质组学技术的发展为从整体水平上探查各种病理情况下CSF中的差异蛋白表达谱提供了可能，并可以此为基础进行特异性生物标志物的筛选，为各种疾病的临床早期预警提供可靠的指标。本研究即运用最新的label free(非标记)蛋白质组学技术从CSF中探查锰毒性关的差异蛋白表达谱，从而为今后筛选锰的毒性生物标志物达到早期预警早期防治的目标提供科学依据和实验数据。

摘要： 本发明根据相关的文献和蛋白质芯片的原理，找到了一种可以直接利用蛋白质芯片找到的差异峰来进行目标蛋白质筛选的生物信息学方法，可以免除中间实验的繁烦步骤，直接针对目标蛋白质进行锁定，以便于进一步的实验验证。本发明主要包括如下流程：步骤1：将实验样本进行蛋白质芯片的实验操作，每个样本都可以得到一系列蛋白质离子峰的数据。步骤2：根据实验设计的情况，对样本进行分组，得到不同组份样本间的差异蛋白峰。步骤3：对步骤二得到的差异蛋白峰进行蛋白质预测。依据蛋白质断裂的三种情况，我们综合3种方法来对差异蛋白峰进行蛋白预测。

摘要： 本发明根据相关的文献和蛋白质芯片的原理，找到了一种可以直接利用蛋白质芯片找到的差异峰来进行目标蛋白质筛选的生物信息学方法，可以免除中间实验的繁琐步骤，直接针对目标蛋白质进行锁定，以便于进一步的实验验证。本发明主要包括如下流程：步骤1：将实验样本(病人的血清标本)进行蛋白质芯片的实验操作，每个样本都可以得到一系列蛋白质离子峰的数据。步骤2：根据实验设计的情况，对样本进行分组，得到不同组份样本间的差异蛋白峰。步骤3：对步骤二得到的差异蛋白峰进行蛋白质预测。依据蛋白质断裂的三种情况，我们综合3种方法来对差异蛋白峰进行蛋白预测。

摘要： 给出了一种定性和定量测定在人体生物组织中人淀粉样蛋白的前体蛋白质(APP)的各种mRNA的表达的方法。该方法可用于测定与正常组织有差异的表达。

摘要： 本发明属于淡水养殖的技术领域，涉及基于蛋白质组学定量技术分析嗜水气单胞菌感染日本沼虾血细胞差异表达蛋白质的方法。本发明包括以下步骤：(1)提取感染嗜水气单胞菌的日本沼虾的血淋巴，分离血细胞，裂解细胞提取蛋白质；(2)对步骤(2)获得的蛋白质进行胰蛋白酶酶解，对酶解肽段进行iTRAQ标记；(3)对步骤(3)标记的肽段进行纯化、液相色谱分离和质谱分析；(4)对步骤(3)获得的质谱分析结果进行蛋白质鉴定和定量分析及生物信息学分析，分析获得差异表达蛋白质。本发明基于iTRAQ对受感染日本沼虾的快速蛋白质组学研究，为进一步研究免疫相关蛋白的作用提供参考。

摘要： 本发明提供了一种应用iTRAQ技术研究弓形虫慢性感染小鼠脑组织差异表达蛋白质组的方法，本发明还提供了一种与大脑发育调节蛋白相互作用的蛋白质或多肽、及其应用，本发明通过CoIP和Pulldown实验发现与大脑发育调节蛋白相互作用6个弓形虫蛋白，并进一步针对TgRPS14、TgH4基因进行基因敲除实验和神经行为学验证。本发明提供了的弓形虫慢性感染小鼠脑组织差异表达蛋白质组的方法能快速有效地进行蛋白质组学研究，有利于快速定位到具有研究价值或商业应用价值的检测靶标、防治药物靶点。

摘要： 本发明公开了一种山羊绒蛋白标记方法，提取绒山羊的绒和毛的蛋白质，测定总蛋白浓度；总蛋白的酶解，记录酶解情况及其蛋白含量，采用高效液相色谱二级质谱方法分析肽段组成和含量；将SWATH质谱获取的肽段数据作为非目标数据，IDA模式的无标记定量方法获取的肽段数据作为目标数据；测定差异表达蛋白含量，利用差异表达蛋白含量进行绒和毛的鉴别。本发明还公开了一种差异表达蛋白的肽段序列。本发明具有高度敏感性、动态范围广、快速的扫描速度、较高覆盖率、成本相对较低、试验操作简便和不受限制。

摘要： 本发明属于淡水养殖的技术领域，涉及基于蛋白质组学定量技术分析嗜水气单胞菌感染日本沼虾血细胞差异表达蛋白质的方法。本发明包括以下步骤：(1)提取感染嗜水气单胞菌的日本沼虾的血淋巴，分离血细胞，裂解细胞提取蛋白质；(2)对步骤(2)获得的蛋白质进行胰蛋白酶酶解，对酶解肽段进行iTRAQ标记；(3)对步骤(3)标记的肽段进行纯化、液相色谱分离和质谱分析；(4)对步骤(3)获得的质谱分析结果进行蛋白质鉴定和定量分析及生物信息学分析，分析获得差异表达蛋白质。本发明基于iTRAQ对受感染日本沼虾的快速蛋白质组学研究，为进一步研究免疫相关蛋白的作用提供参考。

摘要： 本发明涉及一种基于非标定量蛋白质组学技术寻找如皋黄鸡不同细胞或组织间差异表达蛋白的方法，包括以下步骤：（1）鸡不同细胞或组织的组织或细胞蛋白提取；（2）对步骤（1）中得到的不同组的细胞或组织蛋白进行胰酶酶解；（3）酶解后的细胞或组织蛋白进行液相色谱‑质谱联用分析；（4）对分析结果进行数据库搜库和注释分析。通过本发明，本发明的优越性在于：1、本发明能够较快的获得不同组织和细胞之间的差异表达蛋白。2、方法简单可行，可重复性强，结果准确。3、该方法适用于其他物种。

摘要： 本发明公开了一种发现和鉴定肝癌血清差异表达蛋白和验证标志物蛋白方法,利用iTRAQ标记结合MALDI－TOF MS/MS技术，发现和鉴定肝癌血清差异表达蛋白，MRM验证标志物蛋白；本发明寻找有效的肿瘤标志物用于癌变机理研究、疾病的早期诊断及预后判断具有重要意义。对筛选出的肝癌新蛋白标志物，通过基因敲入、敲出和裸鼠移植瘤实验等体内外实验，观察候选基因的表达被阻断或上调后对肿瘤生物学行为的影响，定位出影响人类肝癌发生发展的关键蛋白；通过生物信息学分析，解析这些关键蛋白在系统信号网络中的作用；再以MRM绝对定量验证，评估这些肝癌关键蛋白多肽诊断肝癌价值以及分析与临床相关性，提出它们在肝癌的预防、早期诊断和预后判断等临床应用方面的可行性。

摘要： 本发明涉及基于iTRAQ蛋白组学识别D‑乳酸发酵过程中显著差异表达蛋白的方法；在最优发酵工艺条件下利用L.delbrueckii进行D‑乳酸生产；提取和定量L.delbrueckii在最优发酵工艺条件下对数期胞内总蛋白；对提取和定量的胞内总蛋白进行酶解和同位素标签标记；对酶解和标记的肽段进行LC‑MS/MS检测；对检测的质谱数据进行数据库检索，进行蛋白的定性和定量分析；对定性和定量蛋白根据丰度进行差异表达蛋白分析，识别显著差异表达的蛋白。通过系统生物学，首次分析L.delbrueckii在不同发酵工艺条件下，高发酵D‑乳酸过程的胞内蛋白组轮廓，达到指导后续菌种提升和进一步发酵条件优化。