基因结构

摘要： CRISPR-Cas系统是一种细菌的适应性免疫系统,参与特异性防御不同类型的可移动遗传元件,如质粒、噬菌体、转座子等的入侵。旨在分析肠球菌(Enterococcus)基因组中该系统的基因结构,并探讨其与细菌耐药基因之间的关系。NCBI数据库中下载10种肠球菌的全基因组信息,利用软件对CRISPR-Cas系统的分布、cas1基因、重复序列、间隔序列等进行比对分析;查找耐药相关基因,分析其与CRISPR-Cas系统之间的关系。235株肠球菌中含完整CRISPR-cas系统的有35株(14.9%),含确定CRISPR阵列196个和cas基因簇46个。肠球菌基因组中CRISPR系统主要为II-A型(80.4%),其次是II-C型(15.2%),cas1基因序列的系统发育分析结果与CRISPR-cas系统的分型基本一致。肠球菌CRISPR-Cas系统的分布在不同菌种之间差异较大;CRISPR-Cas系统可能阻碍肠球菌某些耐药基因的水平转移。

摘要： 为了解卵形巴贝斯虫吉林株HSP70基因的结构及功能特性,采用PCR方法对其HSP70基因进行扩增测序及系统进化分析。结果:结构分析显示,卵形巴贝斯虫吉林株HSP70基因片段大小为1947 bp;测序结果显示,卵形巴贝斯虫吉林株HSP70基因与卵形巴贝斯虫日本株(XM_029011319)同源性为99.8%,与双芽巴贝斯虫同源性为95.12%,与牛巴贝斯虫同源性为86.72%;系统进化树分析表明,卵形巴贝斯虫吉林株与双芽巴贝斯虫亲缘关系较近,与牛巴贝斯虫及其他虫种亲缘关系较远。

摘要： 试验通过生物信息学技术对信号转导和转录激活子(signal transducer and activators of transcription,STATs)基因家族进行了motif、基因结构分析、共线性分析、不同物种系统进化分析和表达量分析,旨在挖掘水牛STAT基因家族的功能。结果表明,水牛STAT基因家族共有7个家族成员并分别命名为bbu.STAT1~6,其中bbu.STAT5分为bbu.STAT5A和bbu.STAT5B。bbu.STAT1和bbu.STAT4位于2号染色体,bbu.STAT2和bbu.STAT6位于4号染色体,bbu.STAT3、bbu.STAT5A和bbu.STAT5B位于3号染色体。这7个STAT蛋白长度在748~865 aa之间,等电点PI均小于7,说明水牛STAT蛋白均属于酸性蛋白质。基因结构分析发现不同的组具有不同的内含子数模式。Motif分析发现,除bbu.STAT2外,均含有预测出的motif 1~10且排序相同,说明水牛STAT基因家族成员蛋白功能相似。共线性分析结果显示,水牛和奶牛中均存在3对相同成员的STAT基因表现出串联重复且没有发现片段重复,推测串联复制在水牛和奶牛STAT家族的扩增中起着主导作用。发现2个水牛STAT基因对的Ka/Ks值小于0.5,且STAT5A-STAT5B小于0.1,说明该基因对具有更强的纯化选择压力。不同物种STAT系统发育分析显示,STAT基因家族具有较高的保守性,其中水牛与奶牛和牦牛的聚类更为相近。表达量分析发现所有STAT基因在乳腺组织中均有表达,其中STAT5A的表达量最高,STAT4的表达量最低,推测水牛STAT基因家族参与调控乳房发育及泌乳过程,其中STAT5A可能起更重要的作用。

摘要： 植物中查尔酮异构酶(chalcone isomerase,CHI)是黄酮类物质合成途径的第二个关键酶,上调查尔酮异构酶基因(chi)的表达可以增加植物体内黄酮类次生代谢物质的合成。黄酮类次生代谢产物在抗血栓、降血压、冠心病和糖尿病以及肿瘤防治等药物设计方面有着广泛的应用。近年对CHI的研究主要集中在植物花色改良、药用成分提高,而对其分子结构及功能方面研究较少。本文主要对CHI的分类、功能以及基因结构等方面进行介绍。

摘要： 为了探究AP2/ERF基因家族在小麦基因组中的分布及功能,利用生物信息学方法和小麦全基因组数据信息,在小麦全基因组范围内共鉴定出74个TaAP2/ERF转录因子基因.鉴定所得基因编码的蛋白大多数呈酸性,且大部分被定位在细胞核中,与多数转录因子蛋白相关报道一致.这些基因的启动子区包含多个应答植物激素和环境因子的顺式作用元件,如茉莉酸、脱落酸、光响应、厌氧和低温胁迫等.热图分析发现了6个在生物和非生物胁迫下特异表达的基因:AP2-S基因在非生物胁迫下特异表达;CBFIIId亚家族的3个基因(CBFIIId-B19、CBFIIId-D19和CBFIIId-24.1)结构相同,在非生物胁迫下特异表达;CBFIVb-D21和CBF2基因能够对小麦的病原菌侵染作出响应.

摘要： 饲料所研究创新了鸭胚肝脏原代细胞分离和培养方法近日,中国农业科学院饲料研究所科研人员研究创新了一种简单、快速的鸭胚肝脏原代细胞分离和培养方法,并研究了鸭胚肝脏原代细胞胆碱缺乏模型中的基因可变剪切,为鸭胆碱与基因结构的相关性研究提出了新的见解,相关研究结果发表于《动物生物科学(Animal Bioscience)》上。

摘要： 黄酮类物质是红花的主要活性成分,查尔酮合成酶(Chalcone synthase,CHS)是黄酮类物质合成过程中的关键限速酶。为解析红花黄酮类物质的合成途径,以大果球红花为材料,通过逆转录PCR(RT-PCR)及PCR技术克隆红花CHS(CtCHS)基因的cDNA和gDNA序列,分析其基因结构、蛋白质结构和系统进化关系,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法分析CtCHS基因的组织表达模式及激素处理下的表达模式。结果表明,CtCHS基因的cDNA序列长1317 bp,gDNA序列长1815 bp,由2个外显子和1个内含子构成。内含子AT含量明显高于GC含量,且明显高于外显子中AT含量,内含子序列含有类似增强子及光照、干旱胁迫响应的顺式作用元件,可能在增强基因转录中发挥作用,并可能受光照、干旱等胁迫的诱导。该基因的cDNA序列包含1个1206 bp的最大开放阅读框,编码401个氨基酸,相应的蛋白质为亲水性蛋白,无信号肽序列,不存在跨膜结构,定位于细胞质。药用植物CHS系统进化分析结果表明,CtCHS与矢车菊CHS的进化关系最近,与白芨、铁皮石斛等CHS的进化关系较远,且药用植物CHS蛋白具有明显的种属特性。qRT-PCR检测结果表明,CtCHS在花中的表达量最高,初期果球和幼根中的表达量最低。不同花期,红色和白色红花中CtCHS基因的表达量呈现相同的表达趋势,均在盛花期表达量最高,但红色红花在花组织形成后期表达量最低,而白色红花在花瓣开始伸出期表达量最低。另外,CtCHS基因的表达量在红色和白色红花花组织形成初期、后期及幼茎和幼叶中差异显著,在花瓣基本伸出期差异极显著,而在其他时期、其他组织中差异不显著。激素胁迫后的表达量检测结果表明,CtCHS可响应不同外源激素处理,从而影响其表达。

摘要： 基于辣椒全基因组序列,对辣椒八氢番茄红素合成酶(PSY)基因家族进行鉴定、系统分析,并对其在果实不同发育阶段和不同组织的表达特性进行研究。结果表明,在辣椒基因组中鉴定出6个CaPSY基因,分布在4条染色体上,编码358~432个氨基酸。系统进化树分析结果表明,辣椒PSY基因与其他相关物种PSY基因分为2大类。通过MEME工具鉴定出辣椒PSY基因共有8个保守基序(motif1~motif8)。辣椒PSY实时定量检测结果表明,6个CaPSY基因在辣椒根、茎、叶、花和果实中均有表达,但表达量不同,呈现出组织特异性,推测这些基因在辣椒组织中有不同的功能。该研究结果可以为辣椒PSY基因进化关系、功能差异等进一步研究提供参考。

摘要： 为了解白介素在黄鳝抗维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)感染过程中的分子机制,利用生物信息学方法分析了黄鳝il-6、il-12p35、il-12p40、il-15、ebi3和il-34基因及其编码蛋白的序列特征,并采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法分析了这些基因在健康和维氏气单胞菌感染后黄鳝中的表达模式。结果显示,黄鳝6个白介素蛋白氨基酸序列与尼罗罗非鱼相似性最高且进化关系最近;6个白介素基因与其他鱼类的基因结构基本相同;共线性分析显示il-15在进化上相对保守;白介素基因在健康黄鳝不同组织中均有表达;与对照组相比,白介素基因的表达在维氏气单胞菌感染后均发生了显著变化,其中,il-6、il-12p35和ebi3参与早期阶段的黄鳝抗菌免疫反应。研究结果表明,il-6、il-12p35、il-12p40、il-15、e bi3和il-34基因在黄鳝抵抗病原入侵的免疫防御活动中均有调控作用。

摘要： Smad基因介导的细胞信号在调节动物发育和细胞干性方面起着至关重要的作用.由于其功能的多样性和重要性,Smad基因家族一直受到广泛的研究.然而,双壳贝类Smad基因家族缺乏系统的鉴定和分析.为了理解双壳贝类Smad基因家族的进化和生物学功能,本文在虾夷扇贝基因组鉴定出4个Smad基因,并对其遗传和表达特征进行了分析.时空表达谱显示,Smad3基因在虾夷扇贝受精卵和2～8细胞时期有较高的表达量,而在胚胎及幼虫阶段该基因表达量迅速降低,推测其在胚胎早期细胞分裂和分化过程中发挥重要作用.Smad6在胚胎发育早期表达量较低,在囊胚期及原肠胚时期表达量显著升高,可能与母源调控向合子型调控过渡的"中期囊胚转换"有关.Smads基因在各组织中也呈现了独特的表达模式,其中Smad3、Smad5和Smad6分别在肌肉、血细胞和鳃中表达量最高.而Smad4在各个组织内均有表达且表达量相似.实验结果暗示了Smad基因在虾夷扇贝中不仅参与协调了早期胚胎的发育,也与组织器官的形成和稳态有关.本研究有助于理解贝类Smad基因的进化及功能,为深入研究该基因家族在贝类中的生物学功能和调控机制奠定基础.

摘要： 昆虫在当代动物分类种群中占据了重要位置,是探讨进化生物学理想的实验材料.孵化酶广泛存在于各物种胚胎发育过程中,并在个体发育中扮演重要角色.最近在鱼类基于昆虫孵化酶基因及其内含子缺失角度探讨了进化分析,获得了有意义的结果.本文通过包括19种昆虫和7种代表性的脊椎动物的成熟孵化酶氨基酸序列比对与进化树构建,调查11种代表性昆虫的孵化酶同源序列的基因结构与其保守区对应的内含子,分析昆虫纲孵化酶基因内含子缺失的状态及相互间的亲缘关系.结果发现成熟孵化酶均存在18-氨基酸特征序列和"Met-转角"基序两个保守序列;8种鳞翅目昆虫分枝的昆虫孵化酶基因均为6-外显子-5-内含子结构,双翅目昆虫分枝中的两种孵化酶基因均为3-外显子-2内含子结构,这基本符合基于氨基酸序列构建的进化树和经典形态学物种分类的结果.上述结果暗示昆虫孵化酶基因结构的内含子缺失可以作为一个候选基因来研究昆虫进化关系.另外有趣的是,在调查的昆虫中仅有小菜蛾的孵化酶基因是单外显子结构,推测其与硬骨鱼孵化酶基因HCE类似,存在内含子全部丢失的现象.

摘要： RNF180是一个新型的环指基因编码的产物,一种膜结合的泛素连接酶,属于E3泛素蛋白连接酶的一种类型.在各种细胞进程中,如分化、增殖、凋亡、DNA修复、基因转录等,蛋白酶体途径导致的蛋白降解起着重要的作用.在蛋白酶体途径中RNF180间接地将反应底物通过共价键与泛素连接进行泛素化标记,从而被26S蛋白酶体识别并进行降解.已有研究显示,RNF180基因的甲基化和RNF180作为新型蛋白酶体介体在蛋白酶体途径中的作用,参与各种生物过程,如细胞分化、增殖、各种疾病和肿瘤的发生等.rn在各种细胞进程中，如分化、增殖和凋亡等，通过蛋白酶体途径降解蛋白质来控制蛋白质水平起着重要的作用。而对疾病的进一步认识后，同样知道了泛素-蛋白酶体系统中异常的E3泛素蛋白连接酶活性在肿瘤进展中起显著的作用。rn 有研究相关表明，CpG岛的异常甲基化与肿瘤抑制因子基因的失活密切相关，是许多人类恶性肿瘤的主要病因。并且CpG岛的异常甲基化可以在肿瘤的进展中逐渐累积。通过全基因组甲基化的筛选，明确了在肿瘤中RNF180基因优先进行甲基化。已有研究证明，RNF180表达缺失和低表达与其基因核心启动子区域甲基化呈负相关。rn Cheung等在研究胃癌新型基因RNF180的基因结构，功能意义和临床应用中发现RNF180在胃癌的发生中是一个新的潜在肿瘤抑制因子，RNF180有抑制肿瘤细胞生长和促进凋亡的作用，同时他们明确了RNF180基因的转录起始位点和功能性核心启动子区(-202/+372)在CpG岛上。在实验中，研究发现在胃癌的体外细胞株中RNF180经常性缺失和下调，同时在mRNA和蛋白水平的比较上，体内原发性胃癌组织相对癌旁组织显著下降。且这种情况与RNF180基因核心启动子甲基化密切相关。研究还发现在胃癌细胞中，RNF180的抗增殖能力实现与上调抗增殖调节因子MTSS1和CD-KN2A相关。但其具体调节机制目前尚未明确。rn 如上所诉，可以知道通过RNF180的生物学功能，启动子甲基化致使RNF180基因失活与泛素一蛋白酶体系统紧密相关。且Cheung等的研究已证明启动子甲基化致使RNF180基因失活有利于肿瘤的进展和导致预后差。

摘要： 目的：对我国分离的首株产NDM-1大肠埃希菌进行鉴定,对其相关耐药机制、blaNDM-1基因结构、耐药基因转移性进行研究.rn 方法：VitekⅡCompact鉴定菌株及药敏试验,参照CLSI文件,通过微量肉汤稀释法测定18种抗生素的最小抑菌浓度(MIC).新德里金属β内酰胺酶(NDM-1)水解包括碳青霉烯类的β内酰胺类抗生素,对临床治疗极为不利.本研究中,分离、鉴定了国内首株携带blaNDM-1的大肠埃希菌BJ01.该株菌对除多黏菌素外的所有抗菌药物耐药,BJ01携带blaNDM-1、blaCTX-M-57和blaTEM-1等超广谱β内酰胺基因.blaNDM-1能通过质粒接合实验和转化实验将质粒转移到大肠杆菌EC600和DH5α.通过多位点序列分型(MLST)BJ01被确认为一种新的型别ST224.遗传环境分析显示blaNDM-1附近有复杂的转座子结构,类似于国内报道的鲍曼不动杆菌中的blaNDM-1相邻区域的基因结构.产NDM-1肠杆菌的出现和扩散应引起高度重视.

摘要： 本研究通过RACE技术获得粪类圆线虫RIO3蛋白激酶的全长cDNA序列,全长1765bp,预测CDS序列长1521bp,编码506个氨基酸,其中5’-UTR为179bp,3’-UTR为65bp,同时与通过Long-PCR获得的gDNA的序列比较发现,该基因不含有内含子结构.RT-PCR显示Ss-rio3基因在感染性L3幼虫中转录水平最高,而在自由生活的L1期幼虫中转录水平最低.通过Genome Walker,获得了Ss-rio3基因的启动子序列,并构建了转基因质粒.通过转基因试验,发现Ss-rio3基因启动子可以驱动gfp报告基因表达在L1-L2幼虫头部神经节和肠道组织,且在肠道组织中表达量最高,其与C.elegans riok3的表达形式类似.研究结果阐明了粪类圆线虫rio3基因的基因结构,在不同时期的表达水平及在特异组织中的表达情况,为后续的功能研究奠定了坚实基础.

摘要： 目的:区分对HLA-A,B,C,DRB1,DQB1高分辨确认分型检测中存在的模棱两可组合(Ambiguity)结果.rn 方法:采用SBT方法进行HLA-A,B,C,DRB1,DQB1高分辩基因分型;采用SSOP方法进行HLA-A,B,C,DRB1中高分辩分型及DQB1中分辩基因分型;对SBT及SSOP检测后仍存在的Ambiguity,再采用Sequence Specific Primer(SSP)、Group Specific Primer(GSP)、Group Sequence Specific Primer(GSSP)或Sequence of Primer Targets Testing(SSPT)方法进一步区分.rn 结果:(1)SSP方法:可解决大部分Ambiguity;SSP不能解决的可采用GSP、SSPT或GSSP区分.(2)GSP方法:能解决部分SSP无法区分的CWD1,CWD2/CWD3,Rare组合,GSP仍不能区分的可以采用GSSP区分.(3)GSSP方法:可区分大部分CWD1,CWD2/CWD3,Rare组合,包括SSP或GSP能或不能区分的CWD1,CWD2/CWD3,Rare组合,如SSP和GSP均能区分的C*03:03:01,14:03/C*03:04:01,14:10;SSP不能区分而GSP能区分的B*40:01,48:01:01/B*40:80,48:03:01;SSP和GSP均不能区分的B*15:01,15:02:01/B*15:15,15:25:01.(4)SSPT方法:HLA-B,C位点Exon5,6,7测序引物用于区分CWD1/CWD2,CWD3,包括SSP能或不能区分的CWD1/CWD2,CWD3,例C位点Exon5用于区分SSP不能区分的C*04:01/04:82;B位点Exon5用于区分SSP能区分的B*0705/07:06,C位点Exon5,6用于区分SSP能区分的C*07:01/07:06/07:18,C位点Exon6用于区分SSP能区分的C*08:01/08:22.rn 结论:CWD1/CWD2,CWD3和CWD1,CWD2/CWD3,Rare为最常见的需要区分的Ambiguity类型,首选SSPT方法区分CWD1/CWD2,CWD3,没有SSPT试剂的再采用SSP方法;首选GSSP方法区分CWD1,CWD2/CWD3,Rare,没有SSPT试剂的再采用SSP或GSP方法.

摘要： 目的:区分对HLA-A,B,C,DRB1,DQB1高分辨确认分型检测中存在的模棱两可组合(Ambiguity)结果.rn 方法:采用SBT方法进行HLA-A,B,C,DRB1,DQB1高分辩基因分型;采用SSOP方法进行HLA-A,B,C,DRB1中高分辩分型及DQB1中分辩基因分型;对SBT及SSOP检测后仍存在的Ambiguity,再采用Sequence Specific Primer(SSP)、Group Specific Primer(GSP)、Group Sequence Specific Primer(GSSP)或Sequence of Primer Targets Testing(SSPT)方法进一步区分.rn 结果:(1)SSP方法:可解决大部分Ambiguity;SSP不能解决的可采用GSP、SSPT或GSSP区分.(2)GSP方法:能解决部分SSP无法区分的CWD1,CWD2/CWD3,Rare组合,GSP仍不能区分的可以采用GSSP区分.(3)GSSP方法:可区分大部分CWD1,CWD2/CWD3,Rare组合,包括SSP或GSP能或不能区分的CWD1,CWD2/CWD3,Rare组合,如SSP和GSP均能区分的C*03:03:01,14:03/C*03:04:01,14:10;SSP不能区分而GSP能区分的B*40:01,48:01:01/B*40:80,48:03:01;SSP和GSP均不能区分的B*15:01,15:02:01/B*15:15,15:25:01.(4)SSPT方法:HLA-B,C位点Exon5,6,7测序引物用于区分CWD1/CWD2,CWD3,包括SSP能或不能区分的CWD1/CWD2,CWD3,例C位点Exon5用于区分SSP不能区分的C*04:01/04:82;B位点Exon5用于区分SSP能区分的B*0705/07:06,C位点Exon5,6用于区分SSP能区分的C*07:01/07:06/07:18,C位点Exon6用于区分SSP能区分的C*08:01/08:22.rn 结论:CWD1/CWD2,CWD3和CWD1,CWD2/CWD3,Rare为最常见的需要区分的Ambiguity类型,首选SSPT方法区分CWD1/CWD2,CWD3,没有SSPT试剂的再采用SSP方法;首选GSSP方法区分CWD1,CWD2/CWD3,Rare,没有SSPT试剂的再采用SSP或GSP方法.

摘要： 目的:区分对HLA-A,B,C,DRB1,DQB1高分辨确认分型检测中存在的模棱两可组合(Ambiguity)结果.rn 方法:采用SBT方法进行HLA-A,B,C,DRB1,DQB1高分辩基因分型;采用SSOP方法进行HLA-A,B,C,DRB1中高分辩分型及DQB1中分辩基因分型;对SBT及SSOP检测后仍存在的Ambiguity,再采用Sequence Specific Primer(SSP)、Group Specific Primer(GSP)、Group Sequence Specific Primer(GSSP)或Sequence of Primer Targets Testing(SSPT)方法进一步区分.rn 结果:(1)SSP方法:可解决大部分Ambiguity;SSP不能解决的可采用GSP、SSPT或GSSP区分.(2)GSP方法:能解决部分SSP无法区分的CWD1,CWD2/CWD3,Rare组合,GSP仍不能区分的可以采用GSSP区分.(3)GSSP方法:可区分大部分CWD1,CWD2/CWD3,Rare组合,包括SSP或GSP能或不能区分的CWD1,CWD2/CWD3,Rare组合,如SSP和GSP均能区分的C*03:03:01,14:03/C*03:04:01,14:10;SSP不能区分而GSP能区分的B*40:01,48:01:01/B*40:80,48:03:01;SSP和GSP均不能区分的B*15:01,15:02:01/B*15:15,15:25:01.(4)SSPT方法:HLA-B,C位点Exon5,6,7测序引物用于区分CWD1/CWD2,CWD3,包括SSP能或不能区分的CWD1/CWD2,CWD3,例C位点Exon5用于区分SSP不能区分的C*04:01/04:82;B位点Exon5用于区分SSP能区分的B*0705/07:06,C位点Exon5,6用于区分SSP能区分的C*07:01/07:06/07:18,C位点Exon6用于区分SSP能区分的C*08:01/08:22.rn 结论:CWD1/CWD2,CWD3和CWD1,CWD2/CWD3,Rare为最常见的需要区分的Ambiguity类型,首选SSPT方法区分CWD1/CWD2,CWD3,没有SSPT试剂的再采用SSP方法;首选GSSP方法区分CWD1,CWD2/CWD3,Rare,没有SSPT试剂的再采用SSP或GSP方法.

摘要： 目的:区分对HLA-A,B,C,DRB1,DQB1高分辨确认分型检测中存在的模棱两可组合(Ambiguity)结果.rn 方法:采用SBT方法进行HLA-A,B,C,DRB1,DQB1高分辩基因分型;采用SSOP方法进行HLA-A,B,C,DRB1中高分辩分型及DQB1中分辩基因分型;对SBT及SSOP检测后仍存在的Ambiguity,再采用Sequence Specific Primer(SSP)、Group Specific Primer(GSP)、Group Sequence Specific Primer(GSSP)或Sequence of Primer Targets Testing(SSPT)方法进一步区分.rn 结果:(1)SSP方法:可解决大部分Ambiguity;SSP不能解决的可采用GSP、SSPT或GSSP区分.(2)GSP方法:能解决部分SSP无法区分的CWD1,CWD2/CWD3,Rare组合,GSP仍不能区分的可以采用GSSP区分.(3)GSSP方法:可区分大部分CWD1,CWD2/CWD3,Rare组合,包括SSP或GSP能或不能区分的CWD1,CWD2/CWD3,Rare组合,如SSP和GSP均能区分的C*03:03:01,14:03/C*03:04:01,14:10;SSP不能区分而GSP能区分的B*40:01,48:01:01/B*40:80,48:03:01;SSP和GSP均不能区分的B*15:01,15:02:01/B*15:15,15:25:01.(4)SSPT方法:HLA-B,C位点Exon5,6,7测序引物用于区分CWD1/CWD2,CWD3,包括SSP能或不能区分的CWD1/CWD2,CWD3,例C位点Exon5用于区分SSP不能区分的C*04:01/04:82;B位点Exon5用于区分SSP能区分的B*0705/07:06,C位点Exon5,6用于区分SSP能区分的C*07:01/07:06/07:18,C位点Exon6用于区分SSP能区分的C*08:01/08:22.rn 结论:CWD1/CWD2,CWD3和CWD1,CWD2/CWD3,Rare为最常见的需要区分的Ambiguity类型,首选SSPT方法区分CWD1/CWD2,CWD3,没有SSPT试剂的再采用SSP方法;首选GSSP方法区分CWD1,CWD2/CWD3,Rare,没有SSPT试剂的再采用SSP或GSP方法.

摘要： 目的：使用SBT法对SSOP HD试剂未出结果的8份样本进行检测,分析未出结果的原因,总结SSOP HD试剂用于HLA高分辨分型的经验.rn 方法：1040份骨髓库样本抽提DNA,按照SSOP HD试剂说明对样本DNA进行分型检测;统计高分试剂对人类白细胞抗原A,B,DR各位点检测的成功率;对未出结果的其中8份样本使用SBT法进行核查,根据SBT法的直接测序结果分析可能导致SSOP HD试剂未出结果的原因.rn 结果：1040份骨髓库样本通过SSOP HD试剂检测后,未出结果样本有11份,A位点有4份,B位点有5份,DRB1位点有2份;其中8份样本进行了SBT法检测,均可出结果;分析未出结果的原因可能为罕见型基因和磁珠的假性反应.rn 结论：SSOP HD可完成骨髓库大批量样本的HLA高分型检测工作;对罕见基因和磁珠假性反应调整后的结果应结合SBT法进行核查,保证HLA基因高分辨分型结果的准确性.

摘要： 目的：使用SBT法对SSOP HD试剂未出结果的8份样本进行检测,分析未出结果的原因,总结SSOP HD试剂用于HLA高分辨分型的经验.rn 方法：1040份骨髓库样本抽提DNA,按照SSOP HD试剂说明对样本DNA进行分型检测;统计高分试剂对人类白细胞抗原A,B,DR各位点检测的成功率;对未出结果的其中8份样本使用SBT法进行核查,根据SBT法的直接测序结果分析可能导致SSOP HD试剂未出结果的原因.rn 结果：1040份骨髓库样本通过SSOP HD试剂检测后,未出结果样本有11份,A位点有4份,B位点有5份,DRB1位点有2份;其中8份样本进行了SBT法检测,均可出结果;分析未出结果的原因可能为罕见型基因和磁珠的假性反应.rn 结论：SSOP HD可完成骨髓库大批量样本的HLA高分型检测工作;对罕见基因和磁珠假性反应调整后的结果应结合SBT法进行核查,保证HLA基因高分辨分型结果的准确性.

摘要： 本发明属于基因测序及生物检测领域，涉及基因测序结构、芯片、系统和方法。该基因测序结构中：对设电极包括相对、间隔设置的第一电极和第二电极；半导体层设置于对设电极的一侧，且分别与第一电极和第二电极在正投影方向上至少部分重叠；绝缘层，设置于半导体层远离对设电极的一侧；感应电极设置于绝缘层远离对设电极的一侧，且与半导体层在正投影方向上至少部分重叠；敏感膜层设置于感应电极远离对设电极的一侧，至少包含有对碱基配对产生离子能发生电压变化的敏感材料；微孔层设置于敏感膜层远离对设电极的一侧，在对应着感应电极的区域开设有微孔。该基因测序结构在基因测序时无需激光光源和光学系统，成本低、结构简单，测试效率高。

摘要： 本申请公开一种基因测序结构、基因测序装置及基因测序方法，涉及基因测序及生物检测领域，包括：基板；薄膜晶体管阵列层，位于基板的一侧，包括多个薄膜晶体管，薄膜晶体管包括第一电极、第二电极、第三电极和半导体层；离子敏感膜层，位于半导体层背离基板的一侧；微孔层，位于离子敏感膜层背离基板的一侧；微孔层包括通孔，沿垂直于基板的方向，通孔贯穿微孔层，且通孔与半导体层至少部分交叠，通孔内用于放置待测核酸单链；导电结构，位于微孔层背离基板的一侧，导电结构与第一电极或第二电极电连接；检测芯片，位于导电结构背离基板的一侧，且与导电结构电连接。本申请能够有效的检测基因序列。

摘要： 本发明涉及生物信息技术领域，具体涉及一种联合基因组三维结构差异鉴定和转录组基因表达水平差异分析挖掘功能基因的方法。本发明提供一种基因组三维结构差异的鉴定方法，包括在Hi‑C数据的基础上进行差异AB Compartment的鉴定、差异TAD的鉴定和差异Loop的鉴定，利用该方法可实现利用原位Hi‑C数据对动植物进行不同层级的基因组三维结构差异的高效鉴定。本发明提供利用该基因组三维结构差异鉴定方法联合转录组基因表达水平差异分析挖掘功能基因的方法，利用该联合分析方法可实现从基因组三维结构与转录组两个层面进行差异分析，进而实现对动植物功能基因的高效挖掘。

摘要： 本公开实施例提出一种基因测序阵列结构和基因测序装置。该基因测序阵列结构包括至少一个列单元；所述列单元包括：至少一个检测单元，所述检测单元包括测试腔和连接所述测试腔的第一控制单元；一个冗余单元，所述冗余单元包括冗余腔和连接所述冗余腔的第二控制单元；读出电路，连接所述第一控制单元和第二控制单元，用于通过对所述测试腔和冗余腔的累积电荷的相关双采样来对所述测试腔的累积电荷进行转移和放大。本公开实施例可以用于对高速通过纳米孔的核苷酸类型进行判断，以实现更准确的核酸测序。

摘要： 本发明属于基因测序及生物检测领域，涉及基因测序结构、芯片、系统和方法。该基因测序结构中：对设电极包括相对、间隔设置的第一电极和第二电极；半导体层设置于对设电极的一侧，且分别与第一电极和第二电极在正投影方向上至少部分重叠；绝缘层，设置于半导体层远离对设电极的一侧；感应电极设置于绝缘层远离对设电极的一侧，且与半导体层在正投影方向上至少部分重叠；敏感膜层设置于感应电极远离对设电极的一侧，至少包含有对碱基配对产生离子能发生电压变化的敏感材料；微孔层设置于敏感膜层远离对设电极的一侧，在对应着感应电极的区域开设有微孔。该基因测序结构在基因测序时无需激光光源和光学系统，成本低、结构简单，测试效率高。

摘要： 本发明涉及用于从高通量生物和化学测定平台捕获、整合、组织、导航和查询大规模数据的方法、系统和装置。它提供了一个高效的荟萃分析基础设施，用于对来自不同生物和化学测试、数据类型和生物体的大量研究和实验进行研究查询，并提供了构建和添加到此类基础设施的系统。根据各种实现方案，用于识别可能与感兴趣的生物学、化学或医学概念相关的基因的方法、系统和界面。

摘要： 本发明涉及确定患者感染对抗微生物药物治疗可能具有抗性的至少一种微生物尤其是细菌微生物的方法，选择对感染了至少一种微生物尤其是细菌微生物的患者的治疗的方法，以及确定包含至少一种基因的微生物尤其是细菌微生物的基因组结构变化的方法，以及用于这些方法的计算机程序产品。

摘要： 本发明公开了一种基因4型猪戊型肝炎病毒结构区衣壳蛋白基因及其在制备猪戊型肝炎病毒样颗粒中的用途。本发明的经改造后的基因4型猪戊型肝炎病毒结构区衣壳蛋白基因的核苷酸序列如SEQ？ID？NO.1所示，本发明同时公开了该基因表达的重组蛋白及制备病毒样颗粒的方法，具体涉及基因4型猪戊型肝炎病毒结构区衣壳蛋白基因的改造、基因的克隆及其在毕赤酵母中的分泌表达，以及重组蛋白形成病毒样颗粒的制备和扩大培养条件等操作方法的改进等步骤。本发明简单易行，成本较低，实现了基因4型猪戊型肝炎病毒结构区衣壳蛋白在毕赤酵母中稳定分泌表达，表达的重组衣壳蛋白可自包装形成病毒样颗粒，为猪戊型肝炎病毒的抗体检测及亚单位疫苗的研制提供了基础。

摘要： 本发明涉及到生物膜、具有生物膜性的闭合结构或细胞区室作为基因转染试剂或者基因治疗试剂的应用，该生物膜、具有生物膜性的闭合结构或细胞区室为由天然来源和/或自组装技术得到，生物来源为动物、植物或微生物，所得到的生物膜是完整的或者是片段的，形态上为呈脂质双分子层结构，其组成成分主要是脂质和蛋白质，另有少量糖类通过共价键结合在脂质或蛋白质上。本发明生物膜、具有生物膜性的闭合结构或细胞区室的脂质双分子结构使得其与细胞膜具有很好的相似相容性，能被细胞膜吸附，再通过膜的融合或细胞的内吞作用，偶尔也通过直接渗透作用，因而可以作为外源物质如DNA进入细胞的载体。

摘要： 本实用新型公开了一种基因扩增仪的原位基因芯片结构，包括散热器，设于散热器上的若干个制冷片，设于各个制冷片上的原位模块，设于散热器上的线路板；各个制冷片均与线路板电连接，散热器分别与原位模块和线路板固定连接。散热器上表面中间设有矩形状的凸台，各个制冷片均放置于凸台上，凸台各条边的边缘处均设有若干个挡块，各个挡块上均设有平机螺丝。本实用新型具有增大了单次实验样本量，提高了实验精度，提高了模块温度均匀性和准确性的特点。