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SYSTEMS AND METHODS FOR CONTRUCTING GENOMIC-BASED PHENOTYPIC MODELS

机译:构建基于基因组的表型模型的系统和方法

摘要

The invention provides a computer implemented process for constructing a scalable output network model of a bioparticle. The process includes computer implemented steps of: (a) accessing a database of network gene components including an annotated network set of open reading frames (ORFs) of a bioparticle genome; (b) forming a data structure associating the network gene components with network reaction components, the data structure establishing a data set specifying a network model of connectivity and flow of the network reaction components, and (c) transforming the data set into a mathematical description of reactant fluxes defining the network model of connectivity and flow, wherein the mathematical description defines a scalable output network model of a bioparticle.
机译:本发明提供了一种用于构建生物颗粒的可扩展输出网络模型的计算机实现的过程。该过程包括计算机实现的步骤:(a)访问网络基因成分的数据库,该网络基因成分包括带注释的生物粒子基因组开放阅读框(ORF)的网络集; (b)形成将网络基因成分与网络反应成分相关联的数据结构,该数据结构建立指定网络连接性和网络反应成分流的网络模型的数据集,以及(c)将数据集转换为数学描述定义连通性和流动的网络模型的反应物通量,其中数学描述定义了生物粒子的可扩展输出网络模型。

著录项

  • 公开/公告号EP3133516A1

    专利类型

  • 公开/公告日2017-02-22

    原文格式PDF

  • 申请/专利权人 GENOMATICA INC.;

    申请/专利号EP20160175838

  • 发明设计人 SCHILLING CHRISTOPHE H.;

    申请日2003-06-13

  • 分类号G06F19/12;

  • 国家 EP

  • 入库时间 2022-08-21 14:02:49

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