Mass spectrometry data capture mode to achieve more reliable protein quantification

摘要

Verfahren zum Analysieren eines Analyten unter Verwendung von Massenspektrometrie, wobei das Verfahren umfasst:(a) Bereitstellung eines Analyten;(b) Erzeugung einer Verteilung von Vorläufer-Ionen aus dem Analyten;(c) Analyse der Masse-zu-Ladung-Verhältnisse von wenigstens einem Teil der Verteilung von Vorläufer-Ionen, wodurch Vorläuferionen-Massenspektrometriedaten, welche der Verteilung von Vorläuferionen entsprechen, erzeugt werden;(d) Identifizierung eines Vorläufer-Peaks, welcher einem Vorläuferion entspricht, in den Vorläuferionen-Massenspektrometriedaten und Identifizierung von Interferenz-Peaks in den Vorläuferionen-Massenspektrometriedaten;(e) Fragmentierung von Ionen, welche einem vorher ausgewählten Bereich von m/z-Einheiten um den Vorläufer-Peak herum entsprechen, wobei der vorher ausgewählte Bereich innerhalb von 0,01 bis 10 m/z-Einheiten des Vorläufer-Peaks liegt, wodurch Fragment-Ionen erzeugt werden;(f) Messung der Masse-zu-Ladung-Verhältnisse der Fragment-Ionen, wodurch Produktlonen-Massenspektrometriedaten erzeugt werden;(g) Bestimmung des Anteils an Interferenz innerhalb des vorher ausgewählten Bereichs von m/z-Einheiten um den Vorläufer-Peak herum, wobei der Anteil an Interferenz durch Berechnung eines Interferenzverhältnisses einer größten Interferenz-Peak-Intensität innerhalb des Bereichs der m/z-Einheiten zu einer größten Vorläufer-Peak-Intensität innerhalb des Bereichs der m/z-Einheiten, oder eines Interferenzverhältnisses der Summe aller Interferenz-Peak-Intensitäten innerhalb des Bereichs der m/z-Einheiten zu der Summe aller Vorläufer-Peak-Intensitäten innerhalb des Bereichs der m/z-Einheiten bestimmt wird; und(h) Analyse der Vorläuferionen-Massenspektrometriedaten und der Produkt-Ionen-Massenspektrometriedaten, für welche der Anteil an Interferenz kleiner als ein ausgewählter Wert ist, und Nicht-Analyse der Vorläuferionen-Massenspektrometriedaten und der Produkt-Ionen-Massenspektrometriedaten, für welche der Anteil an Interferenz größer oder gleich dem ausgewählten Wert ist; wodurch der Analyt unter Verwendung von Massenspektrometrie analysiert wird.