物理严格且相空间重叠最大化的相对自由能计算方法

摘要

本发明公开一种物理严格且相空间重叠最大化的相对自由能计算方法，将分子X、Y进行npt系综动力学模拟获得平衡态的结构；确定X、Y两个分子中相互对应并要保留的原子，和X要消失、Y要生长的原子；根据规则确定要达到物理严格所需去除的X和Y各自的角和二面角，和为最大化相空间重叠所需增加到X和Y上的各自的额外二面角；去除X、Y上要消失的原子与保留的原子之间多余的角和二面角作用；增大额外的二面角作用来固定X、Y上要消失的原子与保留的原子之间的结构；统计去除多余角和二面角，以及增加额外二面角所需的自由能，并将此部分自由能计入到X到Y变化的总自由能中。本发明保证自由能微扰计算的物理严格性，最大化相空间重叠。