基于恒定pH分子动力学模拟的蛋白质质子化状态确定方法

摘要

本发明属于分子动力学领域，具体涉及一种基于恒定pH分子动力学模拟的蛋白质质子化状态确定方法，计算参考化合物的ΔGelec,ref；根据模拟目标pH值设置合理的初始质子化状态；进行恒定pH的分子动力学模拟，限制蛋白质主链原子的位置；将质子化状态比例大于99%或者小于1%的氨基酸残基设置为不滴定，其它氨基酸残基滴定，进行常规恒定pH分子动力学模拟，将质子化状态比例大于90%或者小于10%的氨基酸残基设置为不滴定，其它氨基酸残基滴定，分别在pH‑0.5、pH‑0.2、pH、pH+0.2、pH+0.5的条件下进行恒定pH的分子动力学模拟；拟合Hill方程得出最终pKa；质子化状态可由pKa确定。本发明经过多个环节循序确定质子化状态，更快收敛，结果更准确。