一种基于SNP研究玉米南方锈病群体遗传和传播的方法

摘要

本发明提供了一种基于SNP标记研究玉米南方锈病群体遗传和传播路径的方法。本申请的方法使用筛选出的限制性内切酶EcoRI和MspI酶切不同菌株DNA，以简化基因组测序技术，利用Stacks软件挖掘SNP标记，进而对多堆柄锈菌群体遗传结构和传播路径进行研究；本发明的限制性内切酶EcoRI和MspI对多堆柄锈菌全基因组切割效果较好，相较于其他组合，在测序深度相同的情况下，能获得更多的标签数。目前尚未对多堆柄锈菌全基因组测序，本发明以简化基因组测序并利用stacks软件获得不同菌株的SNP位点，并基于此研究多堆柄锈菌的群体遗传结构和传播路径的方法，对病害综合治理和精准防治有重要意义。