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一种作物育种评价的性状特征选择方法

摘要

本发明公开一种作物育种评价的性状特征选择方法,该方法包括:S1、构建作物育种评价数据集,数据集中的每个数据均包括:实验材料编号、育种目标集合G、性状特征集合T、所属实验e以及实验结果r;S2、对数据集中的性状特征集合T进行预处理;S3、根据预处理后的数据集中每个数据的育种目标集合G,从预处理后的数据集中筛选训练样本集及候选性状特征集合;S4、利用训练样本集中的数据,计算候选性状特征集合中每个性状特征与实验结果r之间的相关性;S5、利用训练样本集中的数据,计算候选性状特征集合中性状特征间的排序相似性;S6、根据相关性以及排序相似性的计算结果,选择性状特征。

著录项

  • 公开/公告号CN104572900A

    专利类型发明专利

  • 公开/公告日2015-04-29

    原文格式PDF

  • 申请/专利权人 北京农业信息技术研究中心;

    申请/专利号CN201410827260.6

  • 申请日2014-12-25

  • 分类号G06F17/30;

  • 代理机构北京路浩知识产权代理有限公司;

  • 代理人李相雨

  • 地址 100097 北京市海淀区曙光花园中路11号农科大厦A座318b

  • 入库时间 2023-12-18 08:25:28

法律信息

  • 法律状态公告日

    法律状态信息

    法律状态

  • 2017-10-10

    授权

    授权

  • 2017-09-29

    著录事项变更 IPC(主分类):G06F17/30 变更前: 变更后: 申请日:20141225

    著录事项变更

  • 2015-05-27

    实质审查的生效 IPC(主分类):G06F17/30 申请日:20141225

    实质审查的生效

  • 2015-04-29

    公开

    公开

说明书

技术领域

本发明涉及作物育种技术领域,具体涉及一种作物育种评价的 性状特征选择方法。

背景技术

作物育种技术是一种通过改良作物的遗传特性,选择培育高产 优质品种的技术。作物育种技术对种植业生产的发展具有十分重要 的意义,一直以来受到国家、农业部门及相关从业者的广泛重视。 在作物育种中,评价选育品种是否满足作物育种目标是一个重要的 环节。但是作物育种评价总体上还停留在依靠育种家经验为主的阶 段,缺乏对信息技术的使用。

在作物育种评价的性状特征选择环节,目前的选择方法主要包 含两种类型。一是育种家依经验选择关注的重点性状特征;二是利 用统计学的方法分析不同性状间的相关程度,根据相关度选择关注 性状特征。但是这些方法都未与评价结果直接进行关联。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是现有的作物育种评价的性状特征 选择方法未与评价结果直接进行关联的问题。

为此目的,本发明提出一种作物育种评价的性状特征选择方法, 所述方法包括:

S1、构建作物育种评价数据集,所述数据集中的每个数据均包 括:实验材料编号、育种目标集合G、性状特征集合T、所属实验e 以及实验结果r;

S2、对所述数据集中的性状特征集合T进行预处理,得到预处 理后的数据集;

S3、根据所述预处理后的数据集中每个数据的育种目标集合G, 从所述预处理后的数据集中筛选训练样本集及候选性状特征集合;

S4、利用所述训练样本集中的数据,计算所述候选性状特征集 合中每个性状特征与实验结果r之间的相关性;

S5、利用所述训练样本集中的数据,计算所述候选性状特征集 合中性状特征间的排序相似性;

S6、根据所述相关性以及排序相似性的计算结果,选择性状特 征。

可选的,所述步骤S2具体包括:

S21、对所述数据集中的性状特征集合T中的每种性状进行规范化 处理,所述规范化处理包括统一量化方式和/或统一计量单位和/或统 一表现形式;

S22、对经过所述规范化处理之后的性状特征集合T进行去噪处 理;

S23、对经过所述去噪处理之后的性状特征集合T进行归一化处 理,所述归一化处理的公式为:

Ti'=Ti-min(Ti)max(Ti)-min(Ti)

其中,Ti为性状特征集合T中第i个性状特征,i为不大于性状特征 集合T中元素个数的任一正整数,Ti'为Ti经归一化处理后的结果, min(Ti)和max(Ti)分别为性状特征Ti的最小值和最大值。

可选的,所述步骤S22具体包括:

S221、将不在预设的性状参考值范围内的性状特征所对应的数据 从所述数据集中剔除;

S222、将离群性状特征对应的数据从所述数据集中剔除,所述离 群性状特征为满足下式的性状特征:

|Tj-Tj|>

其中,为Tj的平均值,σ为性状特征Tj的标准差,K为预设参数, Tj为离群性状特征,j为不大于性状特征集合T中元素个数的任一正整 数。

可选的,所述步骤S3,包括:

S31、从育种目标集合G中选取任一育种目标,获取所述育种目 标对应数据的集合D0

S32、根据所述集合D0,从性状特征集合T中获取性状特征并集 T0

S33、根据所述集合D0,统计所述性状特征并集T0中性状特征ti的数据缺失比例Mi,i为不大于所述性状特征并集T0中元素个数的任 一正整数,所述Mi满足:

Mi=(ti为空的数据的个数)/(集合D0中元素的个数);

S34、根据预设的数据缺失比例阈值MD筛选候选性状特征集合, 所述候选性状特征集合T1为{ti|Mi≤MD};

S35、根据所述候选性状特征集合T1,统计所述集合D0中数据dk的性状特征缺失比例Mk,k为不大于所述集合D0中元素个数的任一正 整数,所述Mk满足:

Mk=(dk对应的所述候选性状特征集合T1中性状特征为空的性状 特征个数)/(所述候选性状特征集合T1中元素的个数);

S36、根据预设的性状特征缺失比例阈值MT筛选训练样本集D1, 所述训练样本集D1为{dk|Mk≤MT};

S37、根据所述训练样本集D1,统计所述候选性状特征集合T1中 性状特征tz的数据缺失比例Mz,z为不大于所述候选性状特征集合T1中元素个数的任一正整数,所述Mz满足:

Mz=(tz为空的数据的个数)/(所述训练样本集D1中元素的个数);

若所述Mz>所述MD,则将所述训练样本集D1命名为D0,将所述 候选性状特征集合T1命名为T0,重新执行步骤S33至S37;若所述Mz≤所述MD,则得到训练样本集D1和候选性状特征集合T1

可选的,所述步骤S4,包括:

S41、根据所述训练样本集D1,得到所属实验e的个数k,并将 所述训练样本集D1中的数据按所属实验e划分到k个子集,每个子 集中的数据是同一次实验的数据,记为SKi,1≤i≤k;

S42、从所述候选性状特征集合T1中选择性状特征tj

S43、将所述SKi,1≤i≤k中的数据依据所述性状特征tj的大小 进行排序,将升序排序结果记为将降序排序结果记为

S44、根据实验结果r,分别对所述和中tj取值相同的 数据进行降序微调;

S45、根据所述和分别计算所述SKi,1≤i≤k中数 据的性状特征tj与实验结果r的相关性,计算方法如下式所示:

ω(j,i)=DCG(j,i)IDCG(j,i)

DCG(j,i)=Σp=1m2r(p)-1log(1+p)

IDCG(j,i)=Σp=1m2r*(p)-1log(1+p)

其中,m是所述SKi,1≤i≤k中实验材料的编号,r(p)是所述 或中第p位置的实验材料对应的实验结果,r*(p)是所述 SKi,1≤i≤k中实验材料依据实验结果降序排序时第p位置对应的 实验结果,ω(j,i)依其使用所述或中的排序结果分别记为 ω0(j,i)或ω1(j,i);

S46、计算所述训练样本集D1中性状特征tj的相关性ω(j),计算 方法如下:

ω(j)=max{ω0(j),ω1(j)}

ω0(j)=Σi=1k|SKi|×ω0(j,i)Σi=1k|SKi|

ω1(j)=Σi=1k|SKi|×ω1(j,i)Σi=1k|SKi|

其中,|SKi|是SKi中实验材料的个数;

S47、重复步骤S42至S46直至完成所述候选性状特征集合T1中所有候选性状特征的相关性计算。

可选的,所述步骤S5,包括:

S51、将所述训练样本集D1中实验材料分别按照所述候选性状 特征集合T1中各性状特征进行排序;

S52、从所述候选性状特征集合T1中任选两个性状特征ta和tb, 所述ta对应的实验材料序列为Sa,所述tb对应的实验材料序列为Sb

S53、计算所述训练样本集D1中所有实验材料在所述Sa和Sb中 的位置差值di

di=Sa(i)-Sb(i)

其中,Sa(i)和Sb(i)分别为所述训练样本集D1中第i个实验材料 在Sa和Sb中的位置;

S54、计算所述性状特征ta和tb的相似性:

Sim(a,b)=|Spearman(a,b)|=|1-6Σi=1ndi2n(n2-1)|

其中,n是所述训练样本集D1中数据的个数。

S55、重复步骤S52至S54直至完成所有候选性状特征对的相似 性计算。

可选的,所述步骤S6,包括:

S61、以所述候选性状特征集合T1中各性状特征为顶点,各性 状特征的相关性为顶点权重,顶点之间边的权重为所述顶点之间的 相似性,构建无向图G0

S62、构建已选性状特征集合TS,使用空集进行初始化,即

S63、从所述无向图G0中选择权重最大的顶点vk

S64、依vk与其它顶点间边的权重,更新无向图G0中其它顶点 权重值,具体更新方法如下式所示:

ωj←ωj-Sim(k,j)×2c,j≠k

S65、将vk从所述无向图G0中移至所述已选性状特征集合TS:

TSi+1=TSi∪{vk}

Gi+1=Gi\{vk}

S66、判断所述已选性状特征集合TS中是否已有预设个数的性 状特征,若有,则将当前集合TSi作为结果输出;若不足,则重复步 骤S63至S65,继续选择新特征。

相比于现有技术,本发明的作物育种评价的性状特征选择方法 通过以数据挖掘为代表的信息技术,利用育种家多年的育种数据, 构建不同作物育种目标的特征选择模型,辅助育种家进行作物育种 评价时的性状特征选择。

附图说明

图1为一种作物育种评价的性状特征选择方法流程图;

图2为实施例构建的无向图示例;

图3为实施例更新后的无向图示例;

图4为实施例完成性状特征选择后的性状特征集合和无向图示 例。

具体实施方式

为使本发明实施例的目的、技术方案和优点更加清楚,下面将 结合本发明实施例中的附图,对本发明实施例中的技术方案进行清 楚地描述,显然,所描述的实施例是本发明一部分实施例,而不是 全部的实施例。基于本发明中的实施例,本领域普通技术人员在没 有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例,都属于本发明 保护的范围。

本实施例使用大豆育种品鉴组中100个材料共34个性状的数据 进行具体描述。原始数据见表1。

表1

如图1所示,本实施例公开一种作物育种评价的性状特征选择 方法,所述方法包括:

S1、构建作物育种评价数据集,所述数据集中的每个数据均包 括:实验材料编号、育种目标集合G、性状特征集合T、所属实验e 以及实验结果r。

本实施例中育种目标皆为黄淮海夏大豆产区高产、抗病,即育 种目标集合G={高产,抗病},性状特征集合T以键值对形式表示, 例如对于材料#1,其性状特征集合T为{生育期:102.0,小区产量: 0.660,品鉴亩产:146.75,……,结荚习性:亚,花叶病毒盛花期: 免疫};e为所属实验,本实施例中数据都属同一实验,不失一般性, 使用E1作为该实验唯一标识;r为实验结果,即当前材料在实验中 的评价结果,本实施例中用序数值表示实验结果,即将{升、留、汰} 转化为{3,2,1}表示,如材料#1的评价结果为汰,则表示为1。

完成该步骤后,任意材料数据皆以一个五元数据类型表示。如 材料#1可以表示为{#1,大豆品鉴,{生育期:102.0,小区产量:0.660, 品鉴亩产:146.75,……,结荚习性:亚,花叶病毒盛花期:免疫}, E1,1}。

S2、对所述数据集中的性状特征集合T进行预处理,得到预处 理后的数据集;本实施例对表1所示的原始数据进行预处理,以提 高对作物育种评价的历史数据的利用效率和效果。数据预处理工作 主要针对数据中的性状特征集合T,具体步骤如下:

S21、对所述数据集中的性状特征集合T中每种性状特征进行规范 化处理,所述规范化处理包括统一量化方式和/或统一计量单位和/或 统一表现形式;本实施例中,统一量化方式主要针对枚举型性状,如 花叶病毒盛花期性状主要包含{免疫,高抗,抗,感}四种性状值,可 使用{9,7,5,1}对其进行量化表示。统一计量单位主要针对数值型性 状,如株高性状,有些材料使用米作为计量单位,有些材料使用厘米 作为计量单位,在此均换算为厘米计量。统一表现形式主要针对有多 表现形式的性状,如日期型性状,既可以表示为yyyy-mm-dd,也可 以表示为mm-dd-yyyy等其它形式,在此均以yyyy-mm-dd表示。

S22、对经过所述规范化处理之后的性状特征集合T进行去噪处 理;

所述步骤S22具体包括:

S221、将不在预设的性状参考值范围内的性状特征所对应的数据 从所述数据集中剔除;例如大豆的株高性状参考值为30~180cm,本 实施例中无数据超出该范围,故无需剔除;

S222、将离群性状特征对应的数据从所述数据集中剔除,所述离 群性状特征为满足下式的性状特征:

|Tj-Tj|>

其中,为Tj的平均值,σ为性状特征Tj的标准差,K为预设 参数,Tj为离群性状特征,j为不大于性状特征集合T中元素个数的 任一正整数。

例如对于品鉴亩产这个性状特征,首先计算品鉴亩产的平均值, 结果为176.624;再计算品鉴亩产的标准差,结果为20.213;在本实 施例中,K取3,则品鉴亩产正常取值范围为176.624-3×20.213至 176.624+3×20.213,即115.985~237.263kg,实施例中最小取值为 134.82kg,最大取值为232.53kg,皆未超出正常取值范围,即本实施 例中的品鉴亩产数据没有离群点。若有离群点,则需将该数据剔除。

S23、对经过所述去噪处理之后的性状特征集合T进行归一化处 理,所述归一化处理的公式为:

Ti'=Ti-min(Ti)max(Ti)-min(Ti)

其中,Ti为性状特征集合T中第i个性状特征,i为不大于性状特征 集合T中元素个数的任一正整数,Ti'为Ti经归一化处理后的结果, min(Ti)和max(Ti)分别为性状特征Ti的最小值和最大值。

以实施例中的品鉴亩产数据为例,材料#1的品鉴亩产数据归一化 为(146.75-134.82)/(232.53-134.82)=0.122。

完成数据预处理之后的实施例数据如表2所示。

表2 大豆育种品鉴组预处理后的数据

S3、根据所述预处理后的数据集中每个数据的育种目标集合G, 从所述预处理后的数据集中筛选训练样本集及候选性状特征集合;

具体包括以下步骤:

S31、从育种目标集合G中选取任一育种目标,获取所述育种目 标对应数据的集合D0;本实施例中,材料#1至材料#100构成集合D0

S32、根据所述集合D0,从性状特征集合T中获取性状特征并 集T0;本实施例中包括生育期、小区产量等共34个性状构成T0

S33、根据所述集合D0,统计所述性状特征并集T0中性状特征ti的数据缺失比例Mi,i为不大于所述性状特征并集T0中元素个数的任 一正整数,所述Mi满足:

Mi=(ti为空的数据的个数)/(集合D0中元素的个数);

本实施例中,针对T0中34个性状分别计算实施例中数据的缺 失比例。部分计算结果如下:生育期:0%;蛋白含量:64%;紫斑 粒率:1%。

S34、根据预设的数据缺失比例阈值MD筛选候选性状特征集合, 所述候选性状特征集合T1为{ti|Mi≤MD};

本实施例中,数据缺失比例阈值MD设为20%,具体实施过程 可依专家经验进行调整。筛选过后,T1中包含生育期、小区产量等 共21个性状特征。

S35、根据所述候选性状特征集合T1,统计所述集合D0中数据dk的性状特征缺失比例Mk,k为不大于所述集合D0中元素个数的任一正 整数,所述Mk满足:

Mk=(dk对应的所述候选性状特征集合T1中性状特征为空的性状 特征个数)/(所述候选性状特征集合T1中元素的个数);

本实施例中,对集合D0中100个实验材料,分别统计其针对候 选性状特征集合T1的性状缺失比例,计算结果为所有材料的性状缺 失比例皆为0%。

S36、根据预设的性状特征缺失比例阈值MT筛选训练样本集D1, 所述训练样本集D1为{dk|Mk≤MT};

本实施例中,MT取为20%,具体实施过程可依专家经验进行调整。 由于集合D0中各材料的性状缺失比例皆为0,故训练样本集D1=D0

S37、根据所述训练样本集D1,统计所述候选性状特征集合T1中 性状特征tz的数据缺失比例Mz,z为不大于所述候选性状特征集合T1中元素个数的任一正整数,所述Mz满足:

Mz=(tz为空的数据的个数)/(所述训练样本集D1中元素的个数);

若所述Mz>所述MD,则将所述训练样本集D1命名为D0,将所述 候选性状特征集合T1命名为T0,重新执行步骤S33至S37;若所述Mz≤所述MD,则得到训练样本集D1和候选性状特征集合T1

本实施例中,训练样本集D1中的数据已满足各性状特征的缺失 比例小于等于性状特征缺失比例阈值MT,因此终止筛选过程,将 D1选做训练样本集合,将T1选做候选性状特征集合。

S4、计算所述候选性状特征集合中每个性状特征与所述训练样 本集中每个数据的实验结果之间的相关性;

本实施例通过计算候选性状特征集合中各性状与实验结果的相 关性,以此利用育种家在历史实验中的专家经验,为性状特征的选 择提供依据。优选地以同一实验中不同实验材料的综合评价结果为 依据计算实验材料的性状特征与实验结果的相关性,并将其用于性 状特征选择的主要依据之一。性状特征相关性使用依性状对实验数 据进行排序的结果与真实实验结果的拟合程度进行计算。实施例使 用NDCG(Normalized Discounted Cumulative Gain)计算性状特征的 相关性,具体计算步骤如下:

S41、根据所述训练样本集D1,得到所属实验e的个数k,并将 所述训练样本集D1中的数据按所属实验e划分到k个子集,每个子 集中的数据是同一次实验的数据,记为SKi,1≤i≤k;

本实施例中,数据都属于同一实验,因此,D1中材料皆划入唯 一子集SK1

S42、从所述候选性状特征集合T1中选择性状特征tj

本实施例中,首先选择t1=生育期,进行相关性计算。

S43、将所述SKi,1≤i≤k中的数据依据所述性状特征tj的大小 进行排序,将升序排序结果记为将降序排序结果记为

S44、根据实验结果r,分别对所述和中tj取值相同的 数据进行降序微调;

S45、根据所述和分别计算所述SKi,1≤i≤k中数 据的性状特征tj与实验结果r的相关性,计算方法如下式所示:

ω(j,i)=DCG(j,i)IDCG(j,i)

DCG(j,i)=Σp=1m2r(p)-1log(1+p)

IDCG(j,i)=Σp=1m2r*(p)-1log(1+p)

其中,m是所述SKi,1≤i≤k中实验材料的编号,r(p)是所述 或中第p位置的实验材料对应的实验结果,r*(p)是所述 SKi,1≤i≤k中实验材料依据实验结果降序排序时第p位置对应的 实验结果,ω(j,i)依其使用所述或中的排序结果分别记为 ω0(j,i)或ω1(j,i);

本实施例中,ω0(1,1)=44.89,ω1(1,1)=45.78。

S46、计算所述训练样本集D1中性状特征tj的相关性ω(j),计算 方法如下:

ω(j)=max{ω0(j),ω1(j)}

ω0(j)=Σi=1k|SKi|×ω0(j,i)Σi=1k|SKi|

ω1(j)=Σi=1k|SKi|×ω1(j,i)Σi=1k|SKi|

其中,|SKi|是SKi中实验材料的个数;

本实施例中,只存在唯一实验,因此:

ω0(1)=ω0(1,1)=44.89

ω1(1)=ω1(1,1)=45.78

ω(1)=max{ω0(1),ω1(1)}=45.78

S47、重复步骤S42至S46直至完成所述候选性状特征集合T1 中所有候选性状特征的相关性计算。

S5、根据所述候选性状特征集合,对所述训练样本集中的数据 进行候选性状特征排序相似性计算;

本实施例需计算性状特征的相似性,并将其作为进行性状特征 选择的另一个主要依据。优选地,所述性状特征的相似性使用性状 特征排序的相似程度进行衡量。可计算排序相似程度的方法包括斯 皮尔曼相关系数、秩相关系数、肯德尔系数等。实施例以斯皮尔曼 相关系数为例进行说明,具体计算步骤如下:

S51、将所述训练样本集D1中实验材料分别按照所述候选性状 特征集合T1中各性状特征进行排序;该步骤中升序或降序排序并不 会影响性状特征相似性的计算。

S52、从所述候选性状特征集合T1中任选两个性状特征ta和tb, 所述ta对应的实验材料序列为Sa,所述tb对应的实验材料序列为Sb

不失一般性,实施例选择ta=生育期、tb=小区产量。

S53、计算所述训练样本集D1中所有实验材料在所述Sa和Sb中 的位置差值di

di=Sa(i)-Sb(i)

其中,Sa(i)和Sb(i)分别为所述训练样本集D1中第i个实验材料 在Sa和Sb中的位置;

本实施例中,例如材料#1在性状生育期中排序为52,在性状小 区产量中排序为95,则d1=52-95=-43。依此完成所有实验材料对应 位置差值di的计算。

S54、计算所述性状特征ta和tb的相似性:

Sim(a,b)=|Spearman(a,b)|=|1-6Σi=1ndi2n(n2-1)|

其中,n是所述训练样本集D1中数据的个数。

本实施例中,利用上式对步骤S53算得的位置差值计算得 Sim(a,b)=0.074。

S55、重复步骤S52至S54直至完成所有候选性状特征对的相似 性计算。

S6、根据所述相关性的计算结果以及所述候选性状特征排序相 似性的计算结果,对所述训练样本集进行性状特征选择。

本发明进行性状特征选择时,期望选择的性状特征的相关性最 大,相似性最小。优选地,将其统一化为一个线性组合目标,其形 式为:

maxΣiT1ω(i)xi-cΣiT1ΣjT1,jiSim(i,j)xixj

s.t.ΣiT1xi=nt

其中,c为预定义的平衡参数,权衡选择的性状特征相关性最大 和相似性最小在最终优化目标中的重要程度,实施例中c取值为0.5, nt是选择的性状特征个数,xi是第i个性状特征是否被选择的指示函 数,当xi=1时,表示第i个性状特征被选择,当xi=0时,表示它未 被选择。

在进行目标优化和性状特征选择时,实施例使用贪心算法进行 搜索,具体搜索步骤如下:

S61、以所述候选性状特征集合T1中各性状特征为顶点,各性 状特征的相关性为顶点权重,顶点之间边的权重为所述顶点之间的 相似性,构建无向图G0;图2为实施例构建的无向图G0示例。

S62、构建已选性状特征集合TS,使用空集进行初始化,即

S63、从所述无向图G0中选择权重最大的顶点vk

实施例中选择权重值最大的性状特征为小区产量,其权重为 0.98。

S64、依vk与其它顶点间边的权重,更新无向图G0中其它顶点 权重值,具体更新方法如下式所示:

ωj←ωj-Sim(k,j)×2c,j≠k

图3为实施例在完成该步骤更新后的无向图G0示例。

S65、将vk从所述无向图G0中移至所述已选性状特征集合TS:

TSi+1=TSi∪{vk}

Gi+1=Gi\{vk}

实施例中,TS1={小区产量},G1=G0\{小区产量}。图4为实施 例完成该步骤后的性状特征集合和无向图示例。

S66、判断所述已选性状特征集合TS中是否已有预设个数的性 状特征,若有,则将当前集合TSi作为结果输出;若不足,则重复步 骤S63至S65,继续选择新特征。

实施例欲从G0中选出5个性状特征,选择结果按选出顺序排列 为{小区产量,倒伏性,花色,出苗势,单株粒重}。

上述实施例可以有效利用育种家在作物育种过程中累积的专家 经验;可以科学利用作物育种过程中累积的大量数据信息;可以产 生科学的、有数据依据的作物育种评价中的关键性状特征集合,便 于育种家在作物育种过程中关注点聚焦,在有限的时间内完成更加 重要的工作;可以为区试等作物评审工作提供审定时的数据选择依 据。

虽然结合附图描述了本发明的实施方式,但是本领域技术人员 可以在不脱离本发明的精神和范围的情况下做出各种修改和变型, 这样的修改和变型均落入由所附权利要求所限定的范围之内。

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