公开/公告号CN104331640A
专利类型发明专利
公开/公告日2015-02-04
原文格式PDF
申请/专利权人 北京百迈客生物科技有限公司;
申请/专利号CN201410555641.3
申请日2014-10-17
分类号G06F19/10(20110101);
代理机构11002 北京路浩知识产权代理有限公司;
代理人李相雨
地址 101300 北京市顺义区南法信府前街12号顺捷大厦5层
入库时间 2023-12-17 03:27:13
法律状态公告日
法律状态信息
法律状态
2018-04-17
授权
授权
2015-03-11
实质审查的生效 IPC(主分类):G06F19/10 申请日:20141017
实质审查的生效
2015-02-04
公开
公开
技术领域
本发明涉及生物信息分析技术领域,特别涉及基于生物云平台的 项目结题报告分析系统和方法。
背景技术
随着高通量测序技术的不断发展,生物数据的产出速度非常快 快,目前全世界二代测序技术的数据产出速度为每年13Pbp,并且还 在不断加速中,生物信息学研究已经正式进入大数据时代。
除了在进行生物信息分析时需要大量的计算资源之外,生物信息 分析本身也是一个非常复杂的过程。因此,大部分科研工作者进行分 析时采用的普遍模式是把研究的样本材料和研究目的提供给专业的 生物信息分析公司进行分析,由公司完成测序和分析,分析完成后, 用户得到一份纸质的结题报告或者是word版(或pdf版)的结题报告 以及大量的原始数据,结题报告中列出了分析得到的图或表,而原始 数据一般由于数据量很大,在个人电脑上无法查看,也无法进行后续 的分析。
但是随着用户自行分析的需求不断增长,云计算技术在生物信息 分析领域中的应用越来越多。目前已有的生物云平台,分析模式都是 用户上传数据,选择相应的软件进行分析,没有将结题报告、原始数 据和后续分析整合起来,导致用户只能查看结果图表,无法查看原始 数据以及结题报告的过程中进行相关的分析,导致工作效率降低。
发明内容
为了解决现有技术中用户不能在查看分析结果的同时查看原始 数据以及结题报告的过程进行相关分析导致工作效率降低的技术问 题,一方面,
本发明提供了一种基于生物云平台的项目结题报告分析系统,包 括:结题报告解析模块、用户界面模块、结题报告呈现模块、综合分 析模块;
所述结题报告解析模块用于对各个项目的结题报告进行解析,并 将解析结果以及原始数据按照预设格式整合封装成相应的项目文件;
所述结题报告呈现模块用于查询所有的项目文件并以列表形式 展示,将某个项目按照预设样式显示;
所述用户界面模块用于获取用户请求,并将所述用户请求发送给 所述综合分析模块;
所述综合分析模块用于根据所述用户请求生成分析任务,按照所 述分析任务的指示进行分析,并将分析结果发送给所述结题报告呈现 模块;
所述结题报告呈现模块还用于从所述项目文件列表中查询并读 取项目文件对应的分析结果,并对所述项目文件以及相应的分析结果 进行展示。
可选的,还包括:云端数据库,用于接收并存储所述结题报告解 析模块发送的项目文件。
可选的,所述项目文件中包括结题报告的文字内容、结果图表以 及结果数据文件;
所述用户请求中包括与选择的项目文件分析过程相对应的测序 数据、所使用的分析软件以及分析参数,且所述用户请求是根据所述 结题报告呈现模块中的列表信息生成的。
可选的,所述综合分析模块包括分析软件模块和任务调度模块;
所述分析软件模块用于对所述用户请求进行解析,根据解析得到 结题报告ID、与所述结题报告相对应的测序数据、分析软件以及分析 参数生成分析任务;
所述任务调度模块根据所述分析任务中的分析软件选择相应的 分析软件用于分析。
可选的,所述综合分析软件还包括分析软件库,用于存储各种分 析软件,所述任务调度模块在执行所述分析任务过程中从所述分析软 件库中选择相应的分析软件。
可选的,所述用户界面模块为网页WEB图形化用户界面模块。
可选的,所述云端数据库还用于存储分析任务以及分析结果。
可选的,所述预设格式为SOAP格式,所述预设样式为PLOS One 文章样式。
另一方面,
本发明还提供了基于生物云平台的项目结题报告分析方法,包 括:
对各个项目的结题报告进行解析,并将解析结果以及原始数据按 照预设格式整合封装成相应的项目文件;
查询所有的项目文件并以列表形式展示,将某个项目按照预设样 式显示;
获取用户请求,并按照所述用户请求发送给所述综合分析模块;
根据所述用户请求生成分析任务,按照所述分析任务的指示进行 分析,并按照预设样式对所述项目文件以及相应的分析结果进行展 示。
可选的,所述根据所述用户请求生成分析任务,按照所述分析任 务的指示进行分析包括:
对所述用户请求进行解析,根据解析得到结题报告ID、与所述结 题报告相对应的测序数据、分析软件以及分析参数生成分析任务;
根据所述分析任务中的分析软件选择相应的分析软件用于分析。
利用本发明提供的上述基于生物云平台的项目结题报告分析系 统和方法,通过将传统结题报告的内容(也就是项目文件)、原始数 据和分析软件集成到一个页面中,可以让用户在查看结题报告的同时 查看原始数据并进行分析工作,提高工作效率。利用生物云平台技术, 还能够降低生物信息分析的复杂度和使用门槛,用户可以通过在图形 化界面上用鼠标点击就可以完成生物信息分析,操作简单方便。
附图说明
图1为实施例一提供的基于生物云平台的项目结题报告分析系统 的组成结构示意图;
图2为实施例一中结题报告解析模块对结题报告进行解析操作的 示意图;
图3为实施例一中用户界面模块呈现的所有结题报告信息的示意 图;
图4为实施例一中结题报告呈现模块呈现的结题报告内容的示意 图;
图5为实施例一中结题报告呈现模块呈现的分析结果的示意图;
图6为实施例一中结题报告呈现模块呈现的原始数据的示意图;
图7为实施例一中结题报告呈现模块呈现的原始数据可以进行分 析的示意图;
图8为实施例一中分析软件模块呈现的使用结题报告中原始数据 提交分析任务的示意图;
图9为实施例一中结题报告解析模块显示分析结果的示意图;
图10为实施例二中提供的基于生物云平台的项目结题报告分析 方法的步骤流程图。
具体实施方式
下面结合附图和实施例,对本发明的具体实施方式作进一步详细 描述。以下实施例用于说明本发明,但不用来限制本发明的范围。
实施例一
本实施例提供了一种基于生物云平台的项目结题报告分析系统, 组成示意图如图1所示,包括:结题报告解析模块10、用户界面模块 20、结题报告呈现模块30、综合分析模块40;
结题报告解析模块10用于对各个项目的结题报告进行解析,并将 解析结果以及原始数据按照预设格式整合封装成相应的项目文件;
结题报告呈现模块30用于查询所有的项目文件并以列表形式展 示,将某个项目按照预设样式显示;
用户界面模块20用于获取用户请求,并将用户请求发送给综合分 析模块40;
综合分析模块40用于根据用户请求生成分析任务,按照分析任务 的指示进行分析,并将分析结果发送给结题报告呈现模块30;
结题报告呈现模块30还用于从项目文件列表中查询并读取项目 文件对应的分析结果,并对项目文件以及相应的分析结果进行展示。
本实施例提供的系统用于解决用户对于项目结题报告、原始数据 的查看以及后续分析不方便的问题,使用用户界面将项目结题报告、 原始数据和分析软件结合到同一个页面中,用户可以在一个页面中查 看结题报告的内容、原始数据的内容,还可以选择测序数据和分析软 件进行个性化分析,得到的分析结果还可以参与后续的分析。
可选的,其中项目文件中包括结题报告的文字内容、结果图表以 及结果数据文件;用户请求中包括与选择的项目文件分析过程相对应 的测序数据、所使用的分析软件以及分析参数,且用户请求是根据结 题报告呈现模块30中的列表信息生成的。
其中结题报告内容的预设格式为SOAP(Simple Object Access Protocol,简单对象访问协议)格式。SOAP格式是一种轻量的、简单 的、基于XML的协议,它被设计成在WEB上交换结构化的和固 化的信息。由于SOAP格式可以和现存的许多因特网协议和格式结合 使用,包括HTTP(Hypertext transfer protocol,超文本传输协议),SMTP (Simple Mail Transfer Protocol,简单邮件传输协议),MIME ((Multipurpose Internet Mail Extensions,多用途网际邮件扩充协议), 它还支持从消息系统到RPC(Remote Procedure Call Protocol,远程过 程调用)等大量的应用程序,适用范围比较广泛。
结题报告呈现模块30在显示结题报告的内容时按照预设样式进 行显示。其中显示时所采用的预设样式为PLOS One文章样式,除此 之外还可以是其它有关生物信息期刊的文章样式。
可选的,本实施例的系统中还包括:云端数据库50,用于接收并 存储结题报告解析模块10发送的项目文件。另外,云端数据库50还用 于存储分析任务以及分析结果。云端数据库50中不仅存储结题报告解 析模块提取出来的结题报告的内容、分析任务、分析结果,使得后续 结题报告呈现模块能够对这些数据同时进行显示,保证用户在查看结 题报告的同时能够对原始数据(即结题报告的内容)以及分析任务进 行显示,同时还能在查看原始数据的同时进行分析工作,这样可以提 高工作效率。
可选的,综合分析模块40包括分析软件模块41和任务调度模块 42,具体的,分析软件模块41用于对用户请求进行解析,根据解析得 到结题报告ID、与结题报告相对应的测序数据、分析软件以及分析参 数生成分析任务;任务调度模块42根据分析任务中的分析软件选择相 应的分析软件用于分析。其中的分析任务是利用结题报告中的相关数 据同时从分析软件库中选择相应的软件进行分析的任务。因此,综合 分析软件还包括分析软件库43,用于存储各种分析软件,任务调度模 块42在执行分析任务过程中从分析软件库43中选择相应的分析软件。 其中结题报告中的相关数据具体为结题报告的内容、结果图表和结果 数据文件。
上述分析任务完成后,通过结题报告呈现模块对分析结果进行展 示,并且将分析结果显示在结题报告中相关数据的下方,用户可以查 看、下载以及进行其他的分析。
可选的,用户界面模块20为网页WEB图形化用户界面模块, 利用图形化的用户界面可以方便用户操作。
以下以具体方案为例进行说明:
利用结题报告解析模块将项目的结果、原始数据等信息按照预设 格式整合后存入云端数据库中,如图2所示。用户在WEB图形化界面 上选择需要查看的结题报告,点击之后,WEB图形化用户界面模块 将用户选择的结题报告ID发送至结题报告呈现模块。用户登录生物云 平台后,WEB图形界面模块从云端数据库中查询出用户的所有项目 并以列表的形式展现给用户,如图3所示。用户选择某个结题报告查 看后,结题报告呈现模块将该项目文件的信息从数据库中查询出来后 按照预设样式进行显示,如图4所示。用户可以在页面上查看结题报 告的内容和分析结果,如图5所示,也可以查看结题报告所涉及的原 始数据的内容,如图6所示。如果要对某个原始数据进行进一步的分 析,可以选择该原始数据旁边可以使用的分析软件,如图7所示。点 击分析软件后进入分析软件模块,可以提交分析任务,如图8所示。 分析任务完成后,可以查看分析结果,如图9所示。
利用本实施例提供的基于生物云平台的项目结题报告分析系统, 通过将传统结题报告的内容(也就是项目文件)、原始数据和分析软 件集成到一个页面中,可以让用户在查看结题报告的同时查看原始数 据并进行分析工作,提高工作效率。利用生物云平台技术,还能够降 低生物信息分析的复杂度和使用门槛,用户可以通过在图形化界面上 用鼠标点击就可以完成生物信息分析,操作简单方便。
实施例二
本实施例中提供了基于生物云平台的项目结题报告分析方法,步 骤流程图如图10所示,包括以下步骤:
步骤S1、对各个项目的结题报告进行解析,并将解析结果以及原 始数据按照预设格式整合封装成相应的项目文件。
步骤S2、查询所有的项目文件并以列表形式展示,将某个项目按 照预设样式显示。
步骤S3、获取用户请求,并按照用户请求发送给综合分析模块。
步骤S4、根据用户请求生成分析任务,按照分析任务的指示进行 分析,并按照预设样式对项目文件以及相应的分析结果进行展示。
可选的,本实施例步骤S4中根据用户请求生成分析任务,按照分 析任务的指示进行分析,包括:
对用户请求进行解析,根据解析得到结题报告ID、与结题报告相 对应的测序数据、分析软件以及分析参数生成分析任务;
根据分析任务中的分析软件选择相应的分析软件用于分析。
利用本实施例提供的方法能够实现与实施例一相同的技术效果, 此处不再赘述。
以上实施方式仅用于说明本发明,而并非对本发明的限制,有关 技术领域的普通技术人员,在不脱离本发明的精神和范围的情况下, 还可以做出各种变化和变型,因此所有等同的技术方案也属于本发明 的范畴,本发明的专利保护范围应由权利要求限定。
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