2006년 미국 Health잡지가 뽑은 세계인 건강식품 5가지 중 3가 지가 발효 식품이며 최근에 발효과정에 의한 생리활성 작용이 알려지면서 발효식품이 세계적으로 건강 기능성 식품으로 인식 되고 있다. 미생물들은 오래 전부터 발효 유제품을 중심으로 각종 장류, 김치, 발효소시지, 의약품 및 가축의 사료 첨가제에 이르기 까지 그 특성에 따라 인류의 생활에 직·간접적으로 밀 접한 관계를 맺고 있다 발효된 식품은 기존의 식품보다 풍 미가 높고 미생물 생육억제물질인 bacteriocin을 생성하여 항균 활성을 지니며 다량의 젖산을 생성하여 식품 내의 부패균 성장 을 억제하는 역할을 한다. 이전연구에서는 발효식품중하나인 요커트를 섭취하여 cardiovascular disease, type 2 diabetes로 인한 사망률이 감소했다는 보고가 있다. 이러한 이유로 몇 몇의 사람들은 발효식품을 국가적인 식단 권고사항의 일부로 포 함시켜야 한다고 제안했다. 커피는 커피 생두를 가공한 다음 추출한 음료이며 세계적으 로 가장 널리 음용되고 있는 기호식품 중의 하나로 자리를 잡 았다. 커피는 다른 식품에 비해 폴리페놀 등의 항산화성분 함 량이 높아 세포 손상을 유발하는 자유라디칼 소거능이 높다고 알려져 있다 . 커피 발효는 coffee cherry를 발효 하는 것 으로 알려져 있으며, 건조과정 이전에 coffee beans을 감싸고 있 는 mucilage layer를 효과적으로 제거하여 기능성을 높이기 위 해서가 아닌 순수한 coffee beans을 얻는 것에 목표를 두고 있 다. 그러나 이전 연구에서 2차공정과정에 yeast를 사용해 커 피를 발효함으로써 폴레페놀과 플라보노이드 같은 항산화물질 을 증가시켰다 보고되어있다. 즉, 커피는 2차공정 과정에서 발효를 통해 기능성을 높일 수 있다. 이러한 결과를 바탕으로 발효미생물 산업 진흥원(Sunchang, Korea)에서 안전한 식품미 생물인 Lactobacillus spp.와 Bacillus spp.를 이용하여 커피를 발효함으로써 발효커피를 개발하여 상품화 하였다. 이에따라 본 연구는 발효미생물 산업 진흥원에서 개발한 발효커피가 발효전 과의 차이점과 인체에 적용하여 일반적인 생활에서 발효커피에 의한 장내미생물 생태 변화를 객관적으로 평가하고자 한다.
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