АНАЛИЗ СТРУКТУРЫ ЭЛОНГАЦИОННЫХ КОМПЛЕКСОВ В ПОЛИАКРИЛАМИДНОМ ГЕЛЕ МЕТОДОМ ФЁРСТЕРОВСКОГО РЕЗОНАНСНОГО ПЕРЕНОСА ЭНЕРГИИ

摘要

Для изучения структурных особенностей остановленных элонгационных комплексов, формирующихся в ходе транскрипции нуклеосом РНК-полимеразой 2, предложено использовать подход, основанный на измерении эффективности фёрстеровского резонансного переноса энергии в полиакриламидном геле после разделения интермедиатов транскрипции методом электрофореза. Флуоресцентно-меченые нуклеосомы были получены путем введения пары флуорофоров (донора и акцептора) в соседние супервитки нуклеосомной ДНК. Остановленные элонгационные комплексы формировали, проводя транскрипцию нуклеосом в присутствии ограниченного набора нуклеозид-трифосфатов. Сравнительный анализ эффективности фёрстеровского резонансного переноса энергии для свободных нуклеосом и полученных на их основе элонгационных комплексов с РНК-полимеразой 2 выявил изменение структуры нуклеосом в составе элонгационных комплексов. Показано, что элонгационные комплексы с одинаковой длиной РНК могут существовать в различных конформационных состояниях.