ТРАНСКРИПТОМНЫЙ АНАЛИЗ ЯЧМЕНЯ (Hordeum vulgare L.) С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МИКРОЧИПА Affymetrix Barleyl GeneChip

摘要

Альтернативой полному секвенированию геномов является создание и анализ коллекций EST -фрагментов транскрибируемых кодирующих последовательностей ДНК. Создание коллекций EST обусловило также и развитие кДНК-чип-технологий, с помощью которых появилась возможность оценить уровень транскрипции нескольких тысяч генов в изучаемой ткани организма в рамках одного эксперимента. В статье приводится краткий обзор результатов, полученных в экспериментах с микрочипом ячменя Affymetrix Barleyl GeneChip. Анализировалось варьирование уровня транскрипции более 22 тыс. генов в тканях прорастающего семени у 150 дигаплоидных линий, полученных от скрещивания сортов ячменя Steptoe и Могех. Уровень экспрессии каждого гена рассматривался как количественный признак, для которого в популяции дигаплоидов могут быть картированы генетические локусы, определяющие его варьирование (expressed QTL, eQTL). Позиция регуляторного локуса (eQTL) может совпадать с позицией самого гена на генетической карте (цис-eQTL) или быть удаленной от нее, часто на другую хромосому (транс-eQTL). Таким образом удается выявить и проанализировать цис- и транс- регуляторные локусы для генов в масштабе всего генома. Структура микрочипов Affymetrix позволяет не только проводить одновременное тестирование уровня транскрипции нескольких тысяч генов, но и параллельно выявлять полиморфные участки в последовательностях кДНК, что дает возможность выявить значительную фракцию всех нуклео-тидных замен, существующих между сравниваемыми генотипами. При этом два типа информации (уровень экспрессии тысяч генов и наличие в их нуклеотидных последовательностях полиморфных сайтов) могут быть получены одновременно, при обработкерезультатов одного и того же эксперимента. Детали процедур продемонстрированы в статье на конкретных примерах.