ИДЕНТИФИКАЦИЯ И АНАЛИЗ НУКЛЕОТИДНОГО ПОЛИМОРФИЗМА ГЕНОВ Brassica гара (РЕПА), КОДИРУЮЩИХ БЕЛКИ С ДОМЕНОМХОЛОДОВОГО ШОКА (CSDP)

摘要

Получены полные нуклеотидные последовательности генов холодового шока BrCSDP2 и BrCSDP4 Brassica гара. Установлено, что выделенные гены принадлежат к группе генов AtCSP2/AtCSP4Arabidop-sis thaliana и TsCSDP2/TsCSDP4 Thellungiella salsuginea, кодирующих белки с доменом холодового шока (CSD) и двумя мотивами так называемых цинковых пальцев. Описана структура и охарактеризованы аллельные варианты этих генов. Показано, что аллельный полиморфизм этих генов обусловлен как точ-ковыми нуклеотидными заменами, так и небольшими инделями. Уровни генетического сходства варьировали от 1.0 (между BrCSDP из отдельных растений образцов В. гара) до 0.53 (между AtCSDPl и AtCSDP4). В свою очередь, коэффициенты сходства нуклеотидных последовательностей BrCSDP2 и A1CSDP2 составили 0.89, a BrCSDP4 и AtCSDP4 — 0.85. В продуктах in silico трансляции выделенных генов выявлены аминокислотные замены. При этом, однако, не обнаружено корреляции между полиморфизмом полученных последовательностей и признаками устойчивости к солодовому стрессу.