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【摘要】d（CGCAAATTTGCG）2双链体及其与丙idine报告分子配体的水合反应已通过二维NMR在两个光谱仪频率和三个温度下在水溶液中进行了检测。 ROESY和NOESY交叉峰的定量分析显示，在283 K处，主要沟中的DNA与水相互作用的有效相关时间为0.5 ns。在某些情况下，NOE的符号会随着温度或光谱仪频率的改变而反转。对于水与位于小沟中的A5（H2）和A6（H2）原子的水相互作用，观察到较大的1ns有效关联时间。质子间的NOE和化学位移的变化表明，丙am在主体双链体的小沟5'-AATTT区结合，但不会置换与A5（H2）或A6（H2）相邻的水。在络合物中，这些水的有效相关时间增加了两倍以上，这可能是由于与配体the基进行氢键相互作用而稳定的结果。还发现了结合分子的水合作用，表明水可能有助于双（（）药物的DNA结合过程。通过通过NOE约束的动态退火程序进行结构优化，揭示了配体结合相对于双链体是非中心对称的，这与通过分析分子模型预测的在能量上有利的5'-ATT（≡5'-AAT）位点一致。特别地，结合的丙am跨度在A6-T7-T8区域中的3-4个碱基对，并与靠近次凹槽底的A（N3 / O4'）受体形成紧密的H键接触。将DNA-丙prop复合物的精制NMR结构与最近使用X射线晶体学方法确定的结构进行了比较。
【作者】Andrew N. Lane；Terence C. Jenkins；Thomas A. Frenkiel；
【作者单位】
【年(卷),期】1997(1350),2
【年度】1997
【页码】
【总页数】16
【原文格式】PDF
【正文语种】eng
【中图分类】Q6;
