A substitui??o de florestas tropicais por sistemas de produ??o representa uma das principais fontes de altera??o nos ecossistemas de riachos. Contudo, a composi??o atual das assembleias também depende do tempo decorrente desde o início dessas transforma??es e, desta forma, o conhecimento de cenários históricos variados pode facilitar a realiza??o de a??es que envolvam a recupera??o de ambientes aquáticos. Neste estudo, foi realizado o inventário dos peixes de riachos em bacias cujo desmatamento foi intensificado nos últimos 20 anos, para compor uma linha de base que possa ser usada em estudos ecológicos e taxon?micos. Foram amostradas as variáveis do hábitat, físicas e químicas e os peixes de 60 riachos da regi?o noroeste do estado de Mato Grosso, nas bacias dos rios Aripuan? e Juruena. No total, 130 espécies foram registradas, com predominancia numérica de pequenos caracídeos e grande número de espécies raras, sendo 50 espécies representadas por menos que dez indivíduos e 19 por apenas um indivíduo. Aproximadamente 15% dos táxons amostrados foram identificados somente no nível genérico e vários precisam de estudos taxon?micos e moleculares mais detalhados para alcan?ar identifica??es satisfatórias. As espécies n?o-nativas foram representadas por dois exemplares e nenhuma espécie sabidamente amea?ada foi registrada. Embora a qualidade do hábitat seja superior nos riachos florestados, n?o houve diferen?as na riqueza das assembleias quando comparada aos riachos de microbacias de pastagem, porém com faixa ripária florestada, ou com maior desmatamento. Contudo, a abundancia foi maior nesses dois grupos de riachos, como resultado da dominancia de caracídeos de pequeno porte.
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