Salinity has a significant impact on rice production in coastal, arid and semi-arid areas in many countries, including countries growing temperate rice, such as Kazakhstan. Recently, the complete genomes of 3000 rice accessions were sequenced through the 3?K rice genome project, and this set included 203 temperate japonica rice accessions. To identify salinity-tolerant germplasm and related genes for developing new salinity-tolerant breeding lines for the temperate japonica rice growing regions, we evaluated the seedling stage salinity tolerance of these sequenced temperate japonica rice accessions, and conducted genome-wide association studies (GWAS) for a series of salinity tolerance related traits. There were 27 accessions performed well (SES?
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机译：在许多国家，包括种植温带水稻的国家（例如哈萨克斯坦），盐度对沿海，干旱和半干旱地区的水稻生产具有重大影响。最近，通过3K水稻基因组计划对3000个水稻品种的完整基因组进行了测序，其中包括203个温带粳稻品种。为了鉴定耐盐性种质和相关基因以开发温带粳稻生长区的新耐盐育种系，我们评估了这些测序的温带粳稻种的苗期耐盐性，并进行了全基因组关联研究（GWAS）一系列与耐盐性有关的特征。在中度盐度胁迫下（EC12），有27个种质表现良好（SES≤5.0），在EC12和EC18上有5个种质都可以忍受。共有26个QTL用于9个测量的性状。这些QTL中有11个与已知的耐盐性基因位于同一位置。在1、2、3、6、8和9号染色体上观察到QTL /基因簇。为五个有前途的QTL鉴定了六个候选基因。在Q稻品种中鉴定出的主要QTL Saltol和基因O S HKT1; 5（SKC1）的Na + / K +比等位基因与在本研究中使用的温带粳稻品种中的等位基因不同。在本研究中鉴定了耐盐温带粳稻品种，这些品种是育种计划的重要资源。位于有前途的QTL和候选基因中的SNP可用于将来的基因验证和标记辅助选择。该研究为今后温带粳稻耐盐性的遗传育种提供了有用的信息。
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