Relative abundance of ectomycorrhizas in a managed loblolly pine (Pinus taeda) genetics plantation as determined through terminal restriction fragment length polymorphism profiles

摘要

We examined the relationship between relative abundance of ectomycorrhizas in soil cores determined using morphotype tip counts and terminal restriction fragment length polymorphism (TRFLP) analysis. Root tips were harvested from a total of 120 soil cores collected from six family plots in a loblolly pine (Pinus taeda L.) genetics plantation. Tips from each soil core were morphotyped based on physical characteristics, identified through TRFLP and sequence analysis, then pooled to reconstruct the ectomycorrhizal community within that core. The identity and relative abundance of specific ectomycorrhizas in each reconstructed community was then determined using TRFLP analysis of the internal transcribed spacer of the rRNA gene. Using TRFLP, we were able to detect 34 ectomycorrhizal phylotypes colonizing roots of loblolly pine. TRFLP peak area was an accurate approximation of the relative number of tips of each ectomycorrhizal type within a soil core. Relative abundance of each ectomycorrhiza as determined by TRFLP was used to describe their distribution in the pine plantation. Although there were no differences found in ectomycorrhizal richness and evenness among the six family plots, the two fertilized plots had generally lower levels of ectomycorrhizal richness and evenness as indicated by rank abundance curves. Our results suggest that TRFLP is a useful tool for describing the occurrence and distribution of ectomycorrhizas in environmental samples.Les auteurs ont examiné les relations entre l'abondance relative des ectomycorhizes dans des carottes de sols, en utilisant le décompte des morphotypes des apex et le polymorphisme de la longueur des fragments de restriction terminaux (TRFLP). Ils ont examiné les apex racinaires dans un total de 120 carottes récoltées à partir des parcelles de six familles, dans une plantation génétique de pin à encens (Pinus taeda L.) . Les apex ont été classés selon les morphotypes en se basant sur les caractéristiques physiques, identifiés par l'analyse des séquences TRFLP, et ensuite réunis pour reconstruire la communauté ectomycorhizienne dans cette carotte. Ils ont également déterminé, pour chaque communauté reconstruite, l'identité et l'abondance relative des ectomycorhizes spécifiques, en utilisant l'analyse TRFLP de l'espaceur interne transcrit du gène rARN. À l'aide du TRFLP, il a été possible de détecter 34 phylotypes ectomycorhiziens colonisant les racines du pin à encens. La surface maximale TRFLP donne une approximation exacte du nombre relatif d'apex appartenant à chaque type ectomycorhizien dans une carotte donnée. On a utilisé l'abondance relative de chaque ectomycorhize, tel que déterminé par le TRFLP, pour décrire sa distribution dans la plantation de pin. Bien qu'on ait observé aucune différence dans la richesse et l'uniformité en ectomycorhizes entre les parcelles des 6 familles, les deux parcelles fertilisées montrent généralement des degrés moindres de richesse et d'uniformité, tels qu'indiqués par les rangs dans les courbes d'abondance. Les résultats suggèrent que le TRFLP est utile pour décrire la présence et la distribution des ectomycorhizes dans des échantillons environnementaux.