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Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses

机译:传送带:用于生物信息学分析的工作流引擎

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摘要

Motivation: The rapidly increasing amounts of data available from new high-throughput methods have made data processing without automated pipelines infeasible. As was pointed out in several publications, integration of data and analytic resources into workflow systems provides a solution to this problem, simplifying the task of data analysis. Various applications for defining and running workflows in the field of bioinformatics have been proposed and published, e.g. Galaxy, Mobyle, Taverna, Pegasus or Kepler. One of the main aims of such workflow systems is to enable scientists to focus on analysing their datasets instead of taking care for data management, job management or monitoring the execution of computational tasks. The currently available workflow systems achieve this goal, but fundamentally differ in their way of executing workflows.
机译:动机:从新的高通量方法中获得的数据量迅速增加,使得没有自动管道的数据处理变得不可行。正如一些出版物所指出的那样,将数据和分析资源集成到工作流系统中可以解决此问题,从而简化了数据分析的任务。已经提出并公开了用于定义和运行生物信息学领域中的工作流的各种应用。 Galaxy,Mobyle,Taverna,Pegasus或Kepler。这种工作流程系统的主要目的之一是使科学家能够专注于分析其数据集,而不是照料数据管理,作业管理或监视计算任务的执行。当前可用的工作流系统可以实现此目标,但是执行工作流的方式根本不同。

著录项

  • 来源
    《Bioinformatics》 |2011年第7期|p.903-911|共9页
  • 作者

    Alexander Goesmann;

  • 作者单位
  • 收录信息 美国《科学引文索引》(SCI);美国《化学文摘》(CA);
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
  • 中图分类
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