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Robust identification of transcriptional regulatory networks using a Gibbs sampler on outlier sum statistic

机译:使用基于异常值和统计量的Gibbs采样器可靠地识别转录调控网络

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摘要

Motivation: Identification of transcriptional regulatory networks (TRNs) is of significant importance in computational biology for cancer research, providing a critical building block to unravel disease pathways. However, existing methods for TRN identification suffer from the inclusion of excessive ‘noise’ in microarray data and false-positives in binding data, especially when applied to human tumor-derived cell line studies. More robust methods that can counteract the imperfection of data sources are therefore needed for reliable identification of TRNs in this context.
机译:动机:转录调控网络(TRNs)的识别在癌症研究的计算生物学中非常重要,为揭示疾病途径提供了重要的基础。但是,现有的TRN识别方法会在微阵列数据中包含过多的“噪音”,而在结合数据中则包含假阳性,特别是在应用于人类肿瘤来源的细胞系研究时。因此,在这种情况下,需要更强大的方法来抵消数据源的缺陷,以便可靠地识别TRN。

著录项

  • 来源
    《Bioinformatics》 |2012年第15期|p.1990-1997|共8页
  • 作者单位

    1Bradley Department of Electrical and Computer Engineering, Virginia Tech, Arlington, VA 22203, 2Lombardi Comprehensive Cancer Center and Department of Oncology and 3Department of Physiology and Biophysics, Georgetown University, Washington, DC 20057, USA;

  • 收录信息 美国《科学引文索引》(SCI);美国《化学文摘》(CA);
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
  • 中图分类
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