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SimpleVisGrid: Grid Services for Visualization of Diverse Biomedical Knowledge and Molecular Systems Data

机译:SimpleVisGrid:用于可视化各种生物医学知识和分子系统数据的网格服务

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摘要

Biomedical data visualization is a great challenge due to the scale, complexity, and diversity of systems, system component interactions and experimental data. Standards for interoperable data are a good start to addressing these problems, but standardization of visualization technologies is an emerging topic. SimpleVisGrid builds on Cancer Biomedical Informatics Grid (caBIG) common infrastructure for cancer research, and clearly specifies and extends three standard data formats for inputs and outputs to grid services: comma-separated values (CSV), Portable Network Graphics (PNG), and Scalable Vector Graphics (SVG). Four prototype visualizations are available: 2D array data quality visualization, correlation heatmaps between high-dimensional data and associated meta-data, feature landscapes, and biochemical or semantic network graphs. The services and data model are prepared for submission for caBIG Silver-level compatibility review and for integration into automated research workflows. Making these tools available to caBIG developers and ultimately to biomedical researchers can (1) help with biomedical communication, discovery, and decision-making, (2) encourage more research on standardization of visualization formats, and (3) improve the efficiency of large data transfers across the grid.
机译:由于系统的规模,复杂性和多样性,系统组件的交互作用和实验数据,生物医学数据的可视化是一个巨大的挑战。互操作数据标准是解决这些问题的一个良好的开端,但是可视化技术的标准化是一个新兴的话题。 SimpleVisGrid建立在用于癌症研究的癌症生物医学信息网格(caBIG)通用基础架构上,并明确指定并扩展了三种标准数据格式,用于网格服务的输入和输出:逗号分隔值(CSV),便携式网络图形(PNG)和可扩展性矢量图形(SVG)。提供了四种原型可视化:2D阵列数据质量可视化,高维数据与关联的元数据之间的相关热图,特征景观以及生化或语义网络图。这些服务和数据模型已准备就绪,可以提交给caBIG Silver级兼容性审查,并集成到自动化研究工作流程中。将这些工具提供给caBIG开发人员并最终提供给生物医学研究人员,可以(1)帮助生物医学交流,发现和决策,(2)鼓励对可视化格式标准化进行更多研究,并且(3)提高大数据的效率跨网格传输。

著录项

  • 期刊名称 other
  • 作者

    Todd H. Stokes; May D. Wang;

  • 作者单位
  • 年(卷),期 -1(2009),-1
  • 年度 -1
  • 页码 4178–4181
  • 总页数 10
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种
  • 中图分类
  • 关键词

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