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The Genomedata format for storing large-scale functional genomics data

机译:用于存储大规模功能基因组学数据的Genomedata格式

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摘要

>Summary: We present a format for efficient storage of multiple tracks of numeric data anchored to a genome. The format allows fast random access to hundreds of gigabytes of data, while retaining a small disk space footprint. We have also developed utilities to load data into this format. We show that retrieving data from this format is more than 2900 times faster than a naive approach using wiggle files.>Availability and Implementation: Reference implementation in Python and C components available at under the GNU General Public License.>Contact:
机译:>摘要:我们提出了一种格式,用于有效存储锚定到基因组的多条数字数据轨道。该格式允许快速随机访问数百GB的数据,同时保留较小的磁盘空间。我们还开发了实用程序,可以将数据加载为这种格式。我们证明,从这种格式检索数据比使用摆动文件的简单方法快2900倍。>可用性和实现:Python和C组件的参考实现可从GNU通用公共许可证获得。 strong>联系方式:

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