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An Optimal Seed Based Compression Algorithm for DNA Sequences

机译:基于最佳种子的DNA序列压缩算法

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摘要

This paper proposes a seed based lossless compression algorithm to compress a DNA sequence which uses a substitution method that is similar to the LempelZiv compression scheme. The proposed method exploits the repetition structures that are inherent in DNA sequences by creating an offline dictionary which contains all such repeats along with the details of mismatches. By ensuring that only promising mismatches are allowed, the method achieves a compression ratio that is at par or better than the existing lossless DNA sequence compression algorithms.
机译:本文提出了一种基于种子的无损压缩算法来压缩DNA序列,该算法使用类似于LempelZiv压缩方案的替代方法。所提出的方法通过创建脱机词典来利用DNA序列中固有的重复结构,该脱机词典包含所有此类重复以及错配的细节。通过确保仅允许有希望的错配,该方法可实现与现有无损DNA序列压缩算法相同或更高的压缩率。

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