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Monte Carlo analysis of an ODE Model of the Sea Urchin Endomesoderm Network

机译:海胆内胚层网络ODE模型的蒙特卡洛分析

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摘要

BackgroundGene Regulatory Networks (GRNs) control the differentiation, specification and function of cells at the genomic level. The levels of interactions within large GRNs are of enormous depth and complexity. Details about many GRNs are emerging, but in most cases it is unknown to what extent they control a given process, i.e. the grade of completeness is uncertain. This uncertainty stems from limited experimental data, which is the main bottleneck for creating detailed dynamical models of cellular processes. Parameter estimation for each node is often infeasible for very large GRNs. We propose a method, based on random parameter estimations through Monte-Carlo simulations to measure completeness grades of GRNs.
机译:BackgroundGene调控网络(GRN)在基因组水平上控制细胞的分化,规格和功能。大型GRN中的互动级别具有极大的深度和复杂性。有关许多GRN的详细信息正在涌现,但是在大多数情况下,尚不清楚它们在多大程度上控制了给定的流程,即完整性的等级是不确定的。这种不确定性源于有限的实验数据,这是创建详细的细胞过程动力学模型的主要瓶颈。对于非常大的GRN,每个节点的参数估计通常是不可行的。我们提出了一种方法,该方法基于通过蒙特卡洛模拟进行的随机参数估计来测量GRN的完整性等级。

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