地山雀线粒体基因组全序列的测定和分析

摘要

基于长距PCR扩增及保守引物步移法测定并注释了地山雀(Pseudopodoces humilis)的线粒体基因组全序列。结果表明,地山雀线粒体基因组全长1.6809万bp,A+T含量为52.9%,37个基因排列顺序与红原鸡一致。蛋白质基因的起始密码子中,除COI基因为GTG外,其余均为ATG。ND1和ND5基因终止密码子为AGA;COⅡ基因为AGG;COⅢ和ND4基因为不完全终止密码子T;其余基因均为典型的TAA或TAG。预测了22个tRNA 基因的二级结构,发现tRNA Ser(AGN)缺少DHU臂, tRNA Phe的TψC臂存在一单核苷酸插入。预测的地山雀12S和16SrRNA二级结构分别包括3个结构域47个茎环和6个结构域60个茎环。控制区位于 tRNA Glu和 tRNA Phe之间,长度1240bp。控制区结构为高变I区、中央保守Ⅱ区和保守序列Ⅲ区3个结构域。