毛干DNA提取中四种细菌清除方法的比较研究

摘要

毛发(无根)作为一种非损伤性的生物样本,在保护遗传学和分子生态学研究中发挥着十分重要的作用.以毛干中提取的DNA为模板做PCR扩增时,mtDNA片段扩增效果较好,但核基因的扩增成功率极低.人们将其归因于核DNA质低量少所致.然而我们在前期研究中发现,从毛干中得到的总DNA混有大量的细菌DNA,是导致核基因扩增困难的主要因素之一.为此我们尝试建立一种高效、快速、低成本,而且不影响DNA提取的清除毛干细菌的方法.本研究以蓝狐被毛为材料,经过普通清洗后,以4种方法处理毛干,随后使用磁珠法进行总DNA提取,并通过荧光定量PCR检测总DNA中细菌DNA的含量,以此评估4种方法的有效性.结果表明,未经处理的毛干(V#1—V#3样本)总DNA中,mtDNA和细菌pDNA的Ct值分别为(15.53±0.15)和(16.82±0.03),二者的比值为(0.923±0.009).以SDS和NaOH(方案I)、溶菌酶(方案II)和triton X-100(方案III)处理的毛干样本,细菌DNA的含量没有明显降低.用65℃的4 mol/L NaOH溶液处理毛干样本20 s(方案IV),可把pDNA的拷贝数降低近1000倍,而动物DNA的拷贝数没有明显降低.延长处理时间至35 s以上会降低DNA的提取效果甚至提取失败.因此,我们推荐在提取毛干总DNA之前,采用方案IV处理毛干样品.