薏苡转录组中密码子使用偏好性分析

摘要

密码子是生物的重要组成部分,生物体在进化过程中面对复杂多变的环境会偏好使用一部分密码子来提高适应环境的能力,对物种密码子使用模式进行分析,有利于该物种基因的异源表达。本研究使用Codon W软件对薏苡转录组中54275个基因密码子进行分析,统计密码子的相对使用频率(Relative Synonymous Codon Usage,RSCU),确定了薏苡的26个偏好密码子。这些偏好密码子大多以C和U结尾,通过GC 12-GC_(3)和ENC-GC_(3)关联分析及PR 2-plot偏倚分析,发现薏苡密码子除了受到碱基突变的影响外,还受到了自然选择和其他因素的影响。通过分析将薏苡和其他生物的密码子使用频率,发现薏苡密码子使用频率与其他生物存在一定的差异,但与高粱和拟南芥的差异较小,所以拟南芥或许是异源表达的最佳转化供体。