利用二代测序技术进行近交系小鼠品系验证

摘要

为了对生产群中的无特定病原体(specific pathogen free,SPF)级近交系小鼠进行遗传质量检测,以确认其品系正确,未发生突变.选取2个品系(Balb/cByJ和C57BL/6J)雌雄各半,共16只小鼠,通过多重靶向多聚酶链反应(PCR),扩增包含112个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点的DNA片段,对其进行二代测序(next-generation sequencing,NGS),获得它们在这些SNP位点的基因型.经二代测序后,得到有效读取数为6 118 873,每个位点的平均读取数为3 631,97个SNP位点在所有的小鼠中都被分型,另外15个SNP位点,至少在1个样本中没有被检出.其中,6个SNP只在一个品系的小鼠中有结果,还有2个SNP只在一种性别的小鼠中有结果.在所有样本中得到的全部SNP分型结果都符合其品系的基因型,且均为纯合子.送检的小鼠遗传特征稳定,利用二代测序技术进行SNP分型,能对近交系小鼠的遗传特性进行快速准确的评估.