侧链能量在蛋白质对接优化中的应用

摘要

一般的蛋白质对接程序能够提供大量的待选构象,但其中仅含有少量的正确构象.现在对接的主要工作在于如何从这些大量构象中挑出正确构象.我们先前的研究工作证明蛋白质界面比非界面表面具有更高的能量.在这里,我们使用由Chen等人提出的一个用于检验、设计对接程序的蛋白质复合物标准库中的非抗原-抗体复合物,将侧链能量运用到对接中,并比较了侧链能量和残基配对倾向性、残基组成倾向性、残基保守性在对接中的表现.单独使用这四项的正确构象的平均百排分位排序分别为:38.6±19.6、26.3±20.8、22.7±16.6和37.8±26.1,但是对于个别蛋白,侧链能量的表现要优于其它的三个参数.我们将四个参数综合起来考虑,发展了一个新的打分函数,平均百排分位排序为22.2±7.8,并且提高了筛选效率.