江苏盐城沿海滩涂湿地放线菌多样性及功能基因的筛选

摘要

目的研究江苏盐城沿海滩涂湿地中可培养放线菌的多样性,并比较不同分离培养基对该批样品放线菌的分离效果以及进行NRPS、PKS I、PKS Ⅱ功能基因筛选。方法使用6种分离培养基,对采集的4份土壤样品中的放线菌进行选择性分离。通过16S rRNA 基因序列分析所分离得到的放线菌多样性。运用PCR技术检测菌株合成相关基因的情况。结果菌株去重复后,分离得到放线菌共134株,主要分布于放线菌域的4个目7个科12个属中,除优势菌链霉菌属( Streptomyces )外,还分离到微杆菌属( Microbacterium )、节杆菌属( Arthrobacter )、 Paenarthrobacter 等稀有放线菌属;菌株BY5-10与最近有效发表菌株 Agromyces binzhouensis Oact353^T (GenBank 登录号:KC493987)的16S rRNA基因序列相似率为 98.35%,可能为放线菌科壤霉菌属的潜在新种;菌株EY6-7与最近有效发表菌株 Mycetocola manganoxydans MB1-14^T (GenBank 登录号:GU217690)的16S rRNA基因序列相似率为99.14%,可能为诺卡氏菌科 Mycetocola 的潜在新种;53株菌存在至少1种所探测的生物合成基因簇,阳性率为87.3%。结论江苏盐城沿海滩涂湿地中有着多样性丰富的放线菌资源,具有从中发现放线菌新物种及新抗生素的潜力。