原纤维蛋白1基因在胃癌组织中的表达、功能富集及信号通路生物信息学分析

摘要

目的探讨原纤维蛋白1(FBN1)基因在胃癌组织中的表达、相关生物学功能和信号通路以及FBN1表达与胃癌患者生存期的关系。方法应用生物信息大数据挖掘技术分析癌症基因组图谱数据库(TCGA)中人胃癌癌组织和癌旁正常组织中FBN1 mRNA表达水平。应用蛋白相互作用数据库STRING构建FBN1基因相关蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络并对蛋白网络中的编码基因进行功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析。根据胃癌组织中FBN1 mRNA表达水平的中位数将胃癌患者分为高表达组(n=126)和低表达组(n=118),采用Cox回归模型比较FBN1高表达组与低表达组患者总生存期(OS)和无疾病进展生存期(DFS)。结果FBN1 mRNA在胃癌癌组织中的表达显著高于癌旁正常组织(P<0.05)。FBN1基因PPI网络中共有21个蛋白和143个相互作用关系,各蛋白平均相互作用指数为0.816,网络中各个蛋白功能富集明显(P<0.05)。FBN1基因生物学过程主要富集于翻译后蛋白质修饰、解剖结构发育等;细胞组分主要富集于内质网内腔、细胞外基质和内质网等;分子功能主要富集于细胞黏附分子结合和整合素结合等;KEGG分析显示,FBN1基因KEGG主要富集于细胞外基质受体相互作用、黏着及胃肠道肿瘤等。FBN1 mRNA表达与CD8^(+)T细胞、CD4^(+)T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞及树突状细胞浸润呈正相关(r=0.248、0.412、0.665、0.353、0.412,P<0.05)。FBN1高表达组患者的OS和DFS均显著短于低表达组(P<0.05)。结论FBN1基因在胃癌组织中表达水平显著升高,且高表达患者的OS和DFS显著短于低表达患者。FBN1基因编码蛋白功能富集明显。