萱草海水胁迫相关bZIP转录因子密码子偏向性分析

摘要

bZIP转录因子是普遍存在于动、植物及微生物中的一类蛋白,广泛参与胁迫响应、生长发育调节及能量代谢等多种生理过程。首次通过CodonW和Emboss对萱草海水胁迫相关bZIP基因家族的密码子构成特性及密码子使用模式进行分析,预测HfbZIP基因可能使用的最优密码子,为发掘萱草bZIP基因家族成员的潜在功能提供理论基础。结果表明,HfbZIP基因家族密码子平均GC含量为48.52%,GC3值为48.12%,略微偏向使用A/T结尾;ENC值所在范围为37.40~61.00,平均值为51.50,CAI值取值范围为0.14~0.21,均值为0.19,表明该家族密码子使用偏向性较弱且整体的表达水平不高;中性绘图分析,ENC-plot曲线分析及PR2-plot图表明HfbZIP家族基因密码子偏好性形成受碱基组成,突变与自然选择压力等多因素共同影响;根据RSCU分析筛选出7个最优密码子,可为萱草bZIP功能基因研究和序列设计中密码子优化和宿主选择提供理论支持。