人TIM-4基因启动子的生物信息学分析

摘要

目的探讨T细胞免疫球蛋白粘蛋白分子-4(T cell immunoglobulin and mucin domain containing 4,TIM-4)基因启动子区的序列特征、转录因子及其结合位点。方法 NCBI数据库中获取TIM-4基因启动子2500 bp区域,利用Promoter 2.0,Neural Network Promoter Prediction,Promoter SCAN预测TIM-4基因5’端上游的启动子数目及分布;利用CpG Island Promoter Detection与CpG finder预测CpG岛位置;利用Ali Baba 2.1程序搜索TRANSFAC数据库,预测与TIM-4结合的潜在转录因子及结合位点。结果 TIM-4基因序列定位于5q 33.2,序列全长为47505bp;TIM-4基因上游至5’侧翼共2500 bp的序列中存在两个启动子区;启动子序列中未发现CpG岛;TIM-4启动子区共发现187个转录因子结合位点。结论生物信息学在线软件能预测TIM-4基因启动子功能,提高研究启动子的效率,为后续实验构建TIM-4基因启动子表达载体及启动子的定位和功能分析提供理论依据。