克氏原螯虾养殖群体的SLAF测序及遗传多样性分析

摘要

【目的】探究克氏原螯虾养殖群体内和群体间的遗传多样性,为引种和群体间杂交以改善养殖群体种质提供参考依据。【方法】以湖北、江西、安徽、浙江和江苏5省克氏原螯虾主产地14个养殖群体的120个个体为研究对象,采用简化基因组测序技术——特定区点扩增片段测序技术(SLAF-seq)进行基因组测序,获得基因组SNP基因型数据,构建群体系统发育进化树,并进行群体结构、主成分和遗传多样性分析。【结果】共鉴定出741147个单核苷酸多态性(SNP)位点,群体系统进化分析表明,14个群体的种源主要来自浙江金华和江苏宿迁,然后再向各地引种迁徙。群体结构分析结果与系统进化分析结果相吻合。主成分分析结果揭示了安徽长丰和滁州群体、湖北荆州龙口及和平2个群体,以及浙江东阳群体等5个群体与其他群体间存在相对较远的亲缘关系,是杂交引种的潜在种源。群体遗传多样性分析显示,14个群体的Ho介于0.2171~0.2801,平均值为0.2476,He介于0.3424~0.3598,平均值为0.3534,PIC介于0.2750~0.2878,群体间相差不大,接近0.25,各群体均接近遗传多样性中等水平的下限。【结论】14个克氏原螯虾养殖群体内的遗传多样性较低,群体间的亲缘关系较接近,品种单一、长期内交迹象明显。通过群体的基因组重测序,能以较低的成本实现对养殖群体遗传多样性的定期监测。